作者如果未曾又遺憾，就沒人會(huì)緣一去銘記，這是崩壞1、2的劇情

作者拯救了她們或者他們的霍雨，就是一個(gè)觀測者，不是善良也不是邪惡

2000年，大崩壞在西伯利亞如期發(fā)生，塞西莉亞等人也如之前一樣趕赴戰(zhàn)場。

但來自上個(gè)世代的第一律者瓦爾特深知，如果塞西莉亞死去，那么琪亞娜還是會(huì)和之前一樣因?yàn)槭ルp親而喪失心智，最終毀滅世界，因此他決定阻止此事發(fā)生。他潛入戰(zhàn)場，幫助塞西莉亞穩(wěn)住了西琳。（其中也有作為曾經(jīng)的“哥哥”的霍雨的暗箱操作，因?yàn)椴槐惶摂?shù)之樹和量子之海認(rèn)可，所以只能如此。）之后西琳打開虛數(shù)空間，吸收了崩壞裂變彈。

由于瓦爾特的努力，塞西莉亞免去了死亡的命運(yùn)，同時(shí)塞西莉亞的部下，后來的S級(jí)女武神時(shí)雨綺羅同樣免于一死。但瓦爾特沒能帶走律者核心，此事直接導(dǎo)致奧托意識(shí)到了控制律者的可能性。（也變成了霍雨為了保護(hù)人們不變律者開始暗中迫害奧托。）

2008年某日，塞西莉亞與齊格飛出任務(wù)，奧托對(duì)可控律者的事情產(chǎn)生了想法。他誘騙10歲的琪亞娜來到實(shí)驗(yàn)室，要嘗試令琪亞娜與律者核心結(jié)合來制造一個(gè)可控的律者。觀望已久的瓦爾特命令逆熵部分人員出擊吸引注意力，他親自潛入實(shí)驗(yàn)室中，勸說奧托不要嘗試這種極度危險(xiǎn)的事情。然而奧托并不相信，實(shí)驗(yàn)正常進(jìn)行。琪亞娜獲得核心后立刻出現(xiàn)了神化的樣貌，瓦爾特一人無法壓制琪亞娜，危急時(shí)刻，齊格飛從遠(yuǎn)方趕到，解放天火圣裁的力量將核心剝離，自身也被反噬而死。（但是被霍雨使用積尸氣冥界波）塞西莉亞回來時(shí)，聽瓦爾特解釋了大致原委，對(duì)奧托徹底失去信任，而又不想讓琪亞娜直面喪父的慘痛事實(shí)，于是決定和瓦爾特合作。瓦爾特命令梅琳偽裝成齊格飛，藏身天命之中。

時(shí)間在2014年之前，伊瑟琳在逆熵三連星的陪同下，在好友旅人的提示下，找到了大海深處的遺跡伽藍(lán)要塞。該要塞竟然是第0周目人類創(chuàng)造的高科技都市。通過重裝小兔開啟權(quán)限，伊瑟琳在此獲取了兵神的相關(guān)資料，并且得知遠(yuǎn)古時(shí)期曾有一只行星級(jí)崩壞獸來到地球。

與此同時(shí)，琪亞娜、德莉莎、姬子也跟著逆熵的蹤跡來到此地。琪亞娜迷路后遇到了一位少女，給她起名為迦娜。不久后德莉莎與姬子趕到，發(fā)現(xiàn)迦娜是一只崩壞獸，與迦娜大打出手后離開。之后迦娜來到伽藍(lán)要塞內(nèi)部，伊瑟琳認(rèn)出她正是記錄中的行星級(jí)崩壞獸。一番戰(zhàn)斗后，逆熵全員撤離，沒能進(jìn)一步探索要塞內(nèi)部的秘密。

2013年，一位名為黛爾塔的普通女武神在任務(wù)中與戰(zhàn)友被困在現(xiàn)場很多天。戰(zhàn)友生前最喜歡帝王晶閃蝶，彼時(shí)正是帝王晶閃蝶大遷徙后不久，戰(zhàn)友便為了保護(hù)黛爾塔而犧牲了。黛爾塔在山窮水盡之下不得不吞食崩壞獸的尸體求生，在她獲救之時(shí)，體內(nèi)已經(jīng)發(fā)生了畸變，但卻仍然存活。奧托對(duì)她表示了極大的敬意，授意部下盡全力將她救活。他要用黛爾塔進(jìn)行一次對(duì)進(jìn)化的探索。

此后，奧托暗中開始了人造律者的研究，他誘騙沙尼亞特家族的晚輩安潔莉婭進(jìn)行了人造律者實(shí)驗(yàn)，在德莉莎的干涉下，初次實(shí)驗(yàn)沒有成功?，斃麃喌弥舜耸?，對(duì)奧托更加不滿，但她心中只有一個(gè)想法，那就是向琪亞娜復(fù)仇。

天命和逆熵都甚至伽藍(lán)要塞的重要性，雙方圍繞伽藍(lán)要塞展開了第二次的爭奪。伊瑟琳開發(fā)了潛水裝置“青花魚號(hào)”，與逆熵三連星潛入了伽藍(lán)要塞。通過探索，伊瑟琳掌握了一些過去的信息，例如，存在一個(gè)莫比烏斯實(shí)驗(yàn)室，位于“有極光的地方”。天命艦隊(duì)也迅速聞?dòng)嵹s來，雙方在伽藍(lán)要塞海域的上方再次開戰(zhàn)。戰(zhàn)火驚醒了迦娜，也就是行星級(jí)崩壞獸。天命的女武神們與迦娜大打出手，大家這才發(fā)現(xiàn)原來迦娜的本體正是這座島本身，而迦娜模仿人制造的分身可以同時(shí)存在于多個(gè)地方，包括伊瑟琳身邊。

由于受到迦娜感染，伊瑟琳等人的探索舉步維艱。不久后，輝煌盟約在伽藍(lán)要塞炸開了一個(gè)口子，親自突入到深處，找到了隱藏著最終秘密的圣痕實(shí)驗(yàn)室。而伊瑟琳很快也意識(shí)到了伽藍(lán)要塞真正隱藏的秘密，與奧托在實(shí)驗(yàn)室門口相遇。兩人都無法打開實(shí)驗(yàn)室的大門，但是也都不想讓對(duì)方掌控這個(gè)秘密。

海面上，瑪利亞率領(lǐng)的女武神大軍損失慘重，琪亞娜與迦娜對(duì)峙了起來。迦娜告知琪亞娜，其化身律者滅世的事情。琪亞娜大為震驚，但她依舊堅(jiān)信自己是人類。迦娜卷起猛烈的旋渦，即將帶著整座海島沉入海中。眼看時(shí)間緊迫，奧托和伊瑟琳只得各自返回。經(jīng)歷了這件事情，奧托更加堅(jiān)信，必須先消滅逆熵，才能實(shí)現(xiàn)自己的夙愿。根據(jù)伽藍(lán)要塞中給出的提示“在有極光的地方”，伊瑟琳找到了位于南極的莫比烏斯實(shí)驗(yàn)室。這里有前文明留下的圣痕操作系統(tǒng)“阿瓦隆”。前文明的研究者們拋棄肉體，生存于阿瓦隆的精神世界中，在無盡的歲月里思索對(duì)抗崩壞的方法。然而由于硬件的損壞，外部維修人員也在崩壞中死亡，阿瓦隆內(nèi)部的人員自然也無法生存。伊瑟琳修復(fù)了阿瓦隆系統(tǒng)，與其AI菲米莉絲熟悉了之后，準(zhǔn)備開始救治九霄的進(jìn)程。

九霄運(yùn)至南極后，杏突然要求開啟阿瓦隆系統(tǒng)。伊瑟琳無法阻止，為了防止出現(xiàn)意外，只能和杏一起進(jìn)入了杏的圣痕空間。在那里，伊瑟琳首次見到了幼杏。伊瑟琳以為杏原本是一位乖乖女，沒想到幼杏其實(shí)更加瘋狂，她切斷了阿瓦隆系統(tǒng)的連接，令伊瑟琳無法登出。幸而杏本體的人格及時(shí)趕到，與幼杏大打出手，接著菲米莉絲恢復(fù)了連接，成功救出了兩人。雖然沒有查明幼杏的真相，但對(duì)伊瑟琳而言，也算是對(duì)阿瓦隆系統(tǒng)有了不少的了解。（但是霍雨卻入侵了阿瓦隆系統(tǒng)知曉了一切，

忽然傳來消息，巴黎發(fā)生了大崩壞。伊瑟琳因?yàn)閾?dān)心童年的好友妮娜而趕赴巴黎。妮娜身患無痛癥，從小精神狀態(tài)便很不穩(wěn)定，伊瑟琳答應(yīng)她未來一定要把她治好。然而當(dāng)伊瑟琳趕到時(shí)才發(fā)現(xiàn)，妮娜竟然被選為了律者，即金屬律者。伊瑟琳嘗試感化妮娜，把她關(guān)進(jìn)隔離艙中停止吸收崩壞能，然而隔離艙卻被寧蒂一刀擊破。妮娜的身體開始變成金屬，但她本身卻抗拒成為律者。在充分感受了痛覺之后，妮娜刺破了自己的心臟，但是被可以影響死者的霍雨給救下，藏進(jìn)了夢境等待復(fù)活。