主持人約14年后，失去雙親的少女琪亞娜在長空市發(fā)生大崩壞時幸存，并遇到了第三律者雷電芽衣。在琪亞娜的感化下，芽衣控制住了自己的心智（其中有霍雨給與的情緒之力的干涉），兩人一同逃離長空市的路上，又遇到了逆熵的少女布洛妮婭。一番戰(zhàn)斗后布洛妮婭決定跟兩人一同前進，又遇到了天命的女武神無量塔姬子。三人被姬子

抓到休伯利安號上，之后努力逃出，但最后在與德莉莎的談判后決定加入天命成為女武神。

三人剛剛加入天命后不久，德莉莎兩度扮作在教堂迷路的小修女，測試她們的責任心。在測試布洛妮婭的過程中，布洛妮婭一度失控，險些進入教堂深處的地下。

三人在天命學習期間，在某處海底發(fā)現(xiàn)了幻海密室，里面有一個量子幽靈名為希兒·芙樂艾，是布洛妮婭朝思暮想的兒時好友。兩度進入幻海密室后，在逆熵執(zhí)行者可可利亞的惡意干涉下，希兒一度律者化。但是在霍雨這個逼老六好穩(wěn)的留一手給就連死者的科技（神之才能的崩原體培養(yǎng)器都拿來用了，）

而后，在機緣巧合之下，中世紀的黑貓化作的夢魘阿尼拉出現(xiàn)，侵入了希兒的意識。布洛妮婭為了保護希兒也進入了希兒的意識之中。在希兒的童話世界中，希兒的兩個人格達成了和解，同時也拯救了黑貓的怨念，阿尼拉。最終，阿尼拉化身黑貓，在現(xiàn)實中救活了希兒。當然這個過程其實是雨貢獻了強悍的生命力，否則無法復活死者，做到這件事的人，是答應了黑貓的霍雨，因為作為死靈圣法師的他，擁有干涉死亡的法則。這也是他征求了朋友法老王的意見后。

不久后，敵對的勢力干部可可利亞直接開著戰(zhàn)艦月光王座襲擊圣芙蕾雅學園，天命與逆熵進行了一場大戰(zhàn)?？煽衫麃喺J為，需要主動引發(fā)大崩壞來篩選人類，實現(xiàn)進化。而引發(fā)大崩壞的方式就是讓第二律者西琳的核心重合與她的身體結(jié)合。在這場混戰(zhàn)中，月光王座墜入圣芙蕾雅學園大教堂，打開了底部的密室。而正在艦上的琪亞娜也到達了那里。密室中存放著第二次大崩壞時期誕生的律者——西琳的遺體。

琪亞娜的身體與西琳的核心結(jié)合，變成了滅世的神。人類文明即告毀滅。

在人類文明毀滅前，第一律者，同時也是逆熵的首領瓦爾特躲進虛數(shù)空間中逃過滅世，等到人類文明再次建立后才出來。他堅定地認為自己是人類，要為了保護人類而戰(zhàn)。可是這一行為也讓原本不打算干涉的霍雨徹底無法坐視不管了。

琪亞娜本身并沒有滅世的想法，然而與律者核心結(jié)合后，她在神的操控下殺死了幾乎每一個人。

最后的雷之律者，芽衣和成為神的琪亞娜站在天空哪最后的戰(zhàn)場，最后要掐死她的白發(fā)少女額前的印記顯現(xiàn)著耀眼的光芒

回憶涌入腦海中，那是和大家以前同在的過往，美好的希望與過去的回憶，昨天已經(jīng)回不去，圣痕的光芒照耀著已經(jīng)荒蕪的大地，那是將一切重置的信號。。異型的的怪物短顯現(xiàn)著，意識的統(tǒng)括者，芽衣眼睜睜看著希兒被它的攻擊化為粒子，沖上前去的布洛妮婭也被一擊擊倒。

主持人當她終于能夠停下時，整個世界已經(jīng)陷入了一片荒蕪。她所擁有的，毀滅世界的神力，只能殺掉最后一個她見到的人，那就是她自己。她的絕望寄宿在了自己的圣痕中，

但見到一切發(fā)生的他霍雨又怎能不聞不問呢？這是來自一個外星系人類的幫忙。