以下是《名偵探柯南：天空的遇難船》從開頭到結(jié)局的完整劇情概述：

?開端：神秘預(yù)告與飛艇啟航?

故事從大阪的微生物研究所遭到武裝分子襲擊開始，犯罪組織「紅色暹羅貓」盜走了一種名為「殺人細(xì)菌」的致命生化武器。與此同時(shí)，鈴木財(cái)團(tuán)的巨型飛艇「貝爾·雪利二世號(hào)」即將首航，邀請(qǐng)柯南、小蘭、少年偵探團(tuán)以及各界名流參與試飛。飛艇上還展出了珍貴寶石「天空的貴婦人」，而怪盜基德也發(fā)出預(yù)告信，聲稱要奪取這顆寶石。

?發(fā)展：飛艇上的雙重危機(jī)?

?基德的登場(chǎng)與試探?

基德偽裝成研究員混入飛艇，與柯南展開智斗。他在飛艇內(nèi)設(shè)置煙霧彈，試圖制造混亂奪取寶石，但被柯南識(shí)破部分偽裝。兩人的對(duì)決中夾雜著對(duì)彼此身份的試探。

?細(xì)菌恐怖襲擊爆發(fā)?

飛艇突然收到「紅色暹羅貓」的恐嚇視頻，宣稱已在飛艇上釋放了「殺人細(xì)菌」。部分乘客出現(xiàn)感染癥狀（實(shí)為偽造），恐慌蔓延?？植婪肿右笳Ц陡哳~贖金，并逼迫飛艇改變航線前往東京。

?柯南與基德的合作?

柯南發(fā)現(xiàn)細(xì)菌泄漏是偽造的騙局，而基德也揭露自己此次行動(dòng)的真正目的——尋找被恐怖分子藏匿的細(xì)菌容器。兩人暫時(shí)聯(lián)手，共同破解飛艇內(nèi)的機(jī)關(guān)和謎題。

?高潮：空中對(duì)決與真相揭露?

?恐怖分子的真面目?

柯南通過推理發(fā)現(xiàn)，恐怖分子頭目偽裝成電視臺(tái)工作人員潛入飛艇。他們的真實(shí)目的是利用細(xì)菌武器摧毀東京，報(bào)復(fù)社會(huì)對(duì)傳染病的歧視（首領(lǐng)因家人曾遭隔離迫害而心生恨意）。

?飛艇危機(jī)?

恐怖分子劫持飛艇控制系統(tǒng)，企圖撞向東京塔?？履吓c基德分頭行動(dòng)：基德解除飛艇炸彈并奪回細(xì)菌容器，柯南則與少年偵探團(tuán)合作制服恐怖分子，并啟動(dòng)緊急程序改變飛艇航向。

?驚險(xiǎn)營(yíng)救?

小蘭因「感染」被隔離，基德假扮新一現(xiàn)身安撫她，并在千鈞一發(fā)之際救下險(xiǎn)些墜出飛艇的柯南。兩人從高空驚險(xiǎn)脫身，飛艇最終安全降落。

?結(jié)局：謎團(tuán)收束與浪漫懸念?

?細(xì)菌容器的真相?

基德揭露細(xì)菌容器早已被替換成普通培養(yǎng)基，真正的威脅被化解?？植婪肿尤珕T被捕。

?寶石的歸宿?

基德歸還「天空的貴婦人」，坦言自己此次行動(dòng)只為阻止恐怖襲擊。他留下謎語暗示寶石中藏有更大的秘密，隨后瀟灑離去。

?小蘭與基德的「吻」?

影片結(jié)尾，基德偽裝成新一與小蘭告別時(shí)，突然湊近她的臉頰，留下「是否接吻」的曖昧懸念。這一幕成為粉絲熱議的經(jīng)典橋段。

?尾聲：天空的余韻?

飛艇事件落幕，眾人回歸日常?？履蠈?duì)基德的復(fù)雜情感（亦敵亦友）再次加深，而小蘭則對(duì)「新一」的突然出現(xiàn)與消失感到困惑。影片在藍(lán)天與飛艇的遠(yuǎn)景中結(jié)束，留下對(duì)冒險(xiǎn)與正義的永恒期待。