崇禎的權力運作進入第二階段，是在平定魏黨后對文官集團的分化與控制。他采取了一種"輪換制"，不讓任何一個派系或個人在要職上停留太久。一位大臣剛剛積累起足夠權力，就會被調往他處。崇禎甚至會故意在早朝上拋出爭議性話題，觀察不同大臣的反應，以此判斷他們的立場與忠誠度。

崇禎對大臣的控制既表現(xiàn)在提拔上，也體現(xiàn)在懲罰上。他用人極其嚴格，動輒降職、罰俸、甚至下獄。據統(tǒng)計，崇禎在位的17年間，先后任用了11位內閣首輔，平均每位首輔在任不到兩年。這種高速更替使得任何一位大臣都無法積累過多權力，保證了皇權的絕對中心地位。

崇禎對大臣的控制有時會達到極致。一次，兵部尚書陳新甲因軍事失利被責問，崇禎親自到兵部衙門責罵他。陳新甲解釋說軍隊糧餉不足，導致士兵逃亡。崇禎大怒，命人將陳新甲按倒在地，當場廷杖。這一事件震驚朝野，此后再無大臣敢輕易推卸責任。

隨著時局逐漸惡化，崇禎的權力手段進入了更高階段。面對內憂外患，他開始采取一種"危機調度"模式。他將大臣分為"心腹"與"能臣"兩類：心腹負責監(jiān)視朝政，能臣則被派往最危急的前線。這種安排確保了他既能掌控朝堂，又能應對邊境危機。

崇禎對軍事將領的控制尤為精妙。他深知軍權的重要性，因此對將領既要給予足夠權力，又要防止他們尾大不掉。他經常在同一戰(zhàn)區(qū)安排多位將領，彼此牽制。同時，崇禎會直接與前線將領建立密信渠道，繞過兵部等中間機構，確保自己掌握第一手軍情。

崇禎的權力巔峰表現(xiàn)在處理袁崇煥案上。袁崇煥作為抗擊后金的名將，受到士大夫階層的廣泛擁戴。當袁崇煥與滿清談和后，朝中出現(xiàn)了支持與反對兩派聲音。崇禎沒有立即表態(tài)，而是暗中調查，收集證據。最終，在確定輿論已被充分引導后，崇禎突然下令逮捕袁崇煥，指控其通敵賣國。

這一舉動震驚天下，士大夫階層為之駭然。袁崇煥被凌遲處死，其支持者也受到牽連。通過這一事件，崇禎向朝野表明：無論功高蓋主還是民意所向，最終決定權都在皇帝手中。此后，再無大臣敢于挑戰(zhàn)崇禎的權威。

崇禎后期的權力運作更加純熟。他不再像早期那樣依靠公開展示權力，而是轉向默默操控。崇禎會在不同派系間制造矛盾，讓他們互相消耗。他會故意對某一政策表現(xiàn)出搖擺不定，誘使不同意見的官員充分表達立場，從而識別各自的政治傾向。

崇禎善于利用危機來強化自己的權威。每當邊境告急或民變爆發(fā)，他都會親自處理，展現(xiàn)出非凡的政治敏感度和決斷力。他會在朝堂上痛斥大臣無能，以轉移矛盾焦點。這種危機管理模式，使得即使在局勢惡化的情況下，崇禎仍能保持對朝政的絕對控制。