深夜的東京警視廳檔案室，柯南借著幫目暮警官整理文件的機(jī)會(huì)，調(diào)出了三年前「鶴唳屏風(fēng)」修復(fù)項(xiàng)目的全部資料。泛黃的驗(yàn)收?qǐng)?bào)告里，施工方「云紋工坊」的印章鮮紅刺目——而這個(gè)工坊，正是匿名電話(huà)中提到的與文物走私案密切相關(guān)的組織。更詭異的是，驗(yàn)收簽字欄上，本該由館長(zhǎng)親筆的簽名，經(jīng)筆跡鑒定竟出自不同人之手。

「有人偽造了驗(yàn)收記錄！」柯南將放大鏡對(duì)準(zhǔn)簽名邊緣的細(xì)微涂改痕跡，突然發(fā)現(xiàn)紙張背面隱約透出類(lèi)似摩斯密碼的壓痕。當(dāng)他用鉛筆輕輕涂抹，一串?dāng)?shù)字浮現(xiàn)而出——正是拍賣(mài)會(huì)暗碼字條上缺失的后半部分。

與此同時(shí)，毛利偵探事務(wù)所再次接到神秘包裹。拆開(kāi)牛皮紙，里面竟是一枚鑲嵌著珍珠母貝的懷表，表盤(pán)上的鶴紋與屏風(fēng)如出一轍。懷表夾層里藏著半張老照片，畫(huà)面中年輕的館長(zhǎng)與一位西裝革履的老者舉杯相慶，背景墻上的牌匾寫(xiě)著「云紋堂」三個(gè)燙金大字。小蘭翻出家族相冊(cè)，赫然發(fā)現(xiàn)那位老者正是已逝的鈴木財(cái)閥顧問(wèn)——三年前離奇死于「心臟病突發(fā)」的北川弘一。

「所有線(xiàn)索都指向三年前！」柯南摩挲著懷表背面刻著的「1992.07.15」，突然想起技術(shù)科報(bào)告中提到，走私案關(guān)鍵物證上的金粉成分，與北川弘一收藏的鎏金佛像完全一致。就在這時(shí)，樓下傳來(lái)劇烈的爆炸聲，一輛黑色轎車(chē)撞向事務(wù)所外墻，車(chē)內(nèi)燃燒的文件在火舌中顯現(xiàn)出「云紋工坊」的出貨單。

柯南沖進(jìn)火場(chǎng)，從灰燼里搶救出半張燒焦的地圖。地圖上，用紅筆圈出的廢棄碼頭與陶瓷窯廠形成詭異的三角連線(xiàn)，交匯點(diǎn)正是即將開(kāi)幕的國(guó)際藝術(shù)博覽會(huì)場(chǎng)館。當(dāng)警方突襲碼頭倉(cāng)庫(kù)，發(fā)現(xiàn)大批偽裝成普通工藝品的走私文物，而貨箱夾層里藏著的微型芯片，經(jīng)破解竟是全球文物走私網(wǎng)絡(luò)的加密名單。

博覽會(huì)開(kāi)幕式當(dāng)天，貴賓云集?？履匣煸谌巳褐校翡J察覺(jué)到幾位戴著珍珠母貝袖扣的賓客舉止異常。當(dāng)主舞臺(tái)幕布拉開(kāi)，巨型全息投影呈現(xiàn)出「鶴唳屏風(fēng)」的動(dòng)態(tài)影像時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)投影中隱藏的二維碼——掃描后，竟鏈接到一個(gè)匿名交易網(wǎng)站，頁(yè)面正實(shí)時(shí)拍賣(mài)被盜的佛首。

「他們要利用博覽會(huì)的網(wǎng)絡(luò)掩護(hù)完成交易！」柯南正欲通知警方，卻見(jiàn)人群中閃過(guò)一抹熟悉的身影——那個(gè)戴著寬檐帽的神秘人再次出現(xiàn)，手中遙控器對(duì)準(zhǔn)了場(chǎng)館中央的水晶吊燈。千鈞一發(fā)之際，柯南射出足球撞飛遙控器，劇烈的爆炸聲中，吊燈轟然墜落，會(huì)場(chǎng)陷入一片混亂。

混亂中，神秘人趁亂逃脫，卻在樓梯拐角遺落一枚沾著血跡的懷表鏈。經(jīng)鑒定，血跡屬于重傷住院的山崎弟弟，而懷表鏈內(nèi)側(cè)刻著的「Y·N」縮寫(xiě)，與北川弘一的秘書(shū)柳生奈緒子名字首字母完全吻合。當(dāng)警方趕到柳生家時(shí)，只發(fā)現(xiàn)一封遺書(shū)和被燒毀的賬本殘頁(yè)，遺書(shū)中寫(xiě)著：「有些真相，我必須用生命守護(hù)……」

夜深人靜，柯南站在北川弘一的故居外。月光下，庭院中的枯井突然傳來(lái)金屬碰撞聲。他順著井繩滑下，在積水中摸到一個(gè)防水保險(xiǎn)箱。箱內(nèi)除了走私賬本，還有一盤(pán)錄像帶——畫(huà)面里，北川弘一與館長(zhǎng)激烈爭(zhēng)吵，館長(zhǎng)舉著一份文件怒吼：「你想讓整個(gè)走私網(wǎng)絡(luò)曝光？我們都會(huì)死！」話(huà)音未落，北川突然捂住胸口倒地，而館長(zhǎng)慌亂中藏起了那份文件。

「所謂的心臟病突發(fā)，是蓄意謀殺！」柯南握緊錄像帶，忽然注意到井壁縫隙里嵌著的半枚珍珠母貝。當(dāng)他將其與懷表鏈上的碎片拼接，完整的鶴紋竟與屏風(fēng)暗紋組成了一個(gè)坐標(biāo)——指向東京灣海底的沉船遺址。

與此同時(shí)，技術(shù)科傳來(lái)緊急消息：走私網(wǎng)絡(luò)加密名單中，一個(gè)標(biāo)注為「K」的神秘買(mǎi)家，其交易特征與黑衣組織的洗錢(qián)模式高度吻合。暴雨再次傾盆而下，柯南望著波濤洶涌的海面，耳邊回響著黑衣主犯的冷笑：「真正的操盤(pán)手，還在暗處看著這一切?！苟@場(chǎng)橫跨二十年的文物迷局，似乎正將他引向一個(gè)更危險(xiǎn)的深淵……