在隨后的兩年，也就是1376年到1377年，他領(lǐng)導(dǎo)了第五次遠征，他與哈馬爾丁在伊塞克湖的峽谷中交戰(zhàn)，并把它追擊到伊塞克湖地區(qū)的克旗卡里

在一些文獻中記載，1383年，他還向伊塞克湖派出了第六支遠征軍征討哈馬爾丁，不過，哈馬爾丁仍然逃走了，沒有被捉住

從1389年到1390年，帖木兒決定要擺脫這個地區(qū)的游牧民族，1389年，帖木兒軍隊在伊犁河?xùn)|部和葉米粒河地區(qū)，以及阿拉湖周圍來回往返，在當(dāng)時，這些地區(qū)都是東部王國的中心地帶，后來成為了俄國和中國領(lǐng)土的一部分，在這些地區(qū)，帖木兒都扮演了君主和征服者的角色，他派出輕騎兵，迅速越過這些草原，與此同時，帖木兒先頭部隊隨著蒙古人一直到達阿爾泰山以南的黑伊爾德河，接著，他的軍隊從巴爾克申湖盆地出發(fā)，分兵數(shù)路越過天山，到達博斯騰湖盆地，最后，集結(jié)在裕勒都斯河流域，文獻記載，帖木兒甚至到達了吐魯番

在這些地區(qū)，曾經(jīng)與帖木兒作戰(zhàn)的蒙古首領(lǐng)是黑的兒火者，他曾經(jīng)暫時被哈馬爾丁趕下王位，根據(jù)文獻記載，他逃到*****的最東邊，企圖在那里建立一個新的王國，與此同時，他還強迫吐魯番境內(nèi)最后一批回鶻人皈依了伊斯蘭教，雖然，帖木兒主要敵人是哈馬爾丁，兩人有共同敵人，但是，帖木兒還是毫不猶豫的進攻黑的兒火者，他被打敗后，逃往戈壁，帖木兒獲勝以后，在焉耆，召開了一次軍事會議，把得到的戰(zhàn)利品瓜分了

帖木兒返回撒馬爾罕之前，派他的兒子沙黑先行一步，先回去

雖然帖木兒對這些地區(qū)進行了大規(guī)模摧毀，但是哈馬爾丁仍然沒有被打敗，帖木兒的軍隊一旦返回河中地區(qū)，他又在伊犁河流域恢復(fù)自己的政權(quán)，所以在1390年，帖木兒又派出一支軍隊前去進攻他，這支軍隊從塔什干出發(fā)，經(jīng)過伊塞克湖，渡過伊犁河

隨著哈馬爾丁來到石河，可是，這個時候，哈馬爾丁跑走了，從此，他消失在阿爾泰山中，再也沒有他的消息，帖木兒軍隊在阿爾泰山的松樹上，刻上他的名字，用來標(biāo)志他們的勝利，然后，他們沿著阿特里克湖，也就是巴爾克什湖，返回了河中地區(qū)

哈馬爾丁的消失，讓察合臺家族后裔黑的兒火者可以恢復(fù)在蒙兀兒斯坦的王位，杜格拉特家族的新首領(lǐng)忽歹達一直是擁護正統(tǒng)王權(quán)，他是第一個將消息告訴君主，支持并且保證他的復(fù)位，黑的兒火者是一個虔誠的穆斯林，共同的信仰，使得他與帖木兒開始接近，兩人締結(jié)了合約，大約在1397年，帖木兒娶了她的女兒，帖木兒對這場婚姻非常重視，因為這場婚姻讓他進入了成吉思汗的黃金家族行列，讓他統(tǒng)治河中有了正統(tǒng)性，而且可以名正言順的繼承成吉思汗的遺產(chǎn)，重新恢復(fù)蒙古帝國的榮光

1399年，黑的兒火者去世，他的三個兒子分別繼承了一部分領(lǐng)地，他們仨個都在忽歹達的監(jiān)護之下，在這期間，帖木兒企圖利用這里的混亂再次進行新的遠征，這次遠征至少來到了喀什格爾，這支軍隊是他的孫子米兒咱率領(lǐng)的，他們進入喀什，掠奪了葉兒羌，奪取了阿克蘇城，緊接著，伊斯坎達爾派一支軍隊向西北去，去掠奪庫車，他本人率軍來到于闐，在這里，居民向他呈現(xiàn)禮物熱情，歡迎他，并且自稱帖木兒臣民，最后，他經(jīng)過費爾甘納，返回了撒馬爾罕