南通境內(nèi)成陸最早的西北部為揚泰崗地外緣，5000多年前就有人類生息繁衍，其余大部分區(qū)域為近2000年間海中沙洲逐步漲接而成。隨著人口的遷入和漁鹽、農(nóng)耕等經(jīng)濟的發(fā)展，逐步建立各級行政建制。

漢元狩六年（前117）置臨?？?，管轄海陵等29縣，今海安地域即為海陵縣轄地。東晉安帝年間（397~418），建如皋、等縣，屬廣陵郡。南朝宋泰七年（471），設海安縣，屬新平郡（后改屬海陵郡）。南通境內(nèi)最早的縣級政權到南朝梁陳年間（502~589）基本裁廢。南北朝時期，今南通市區(qū)一帶逐漸漲沙成洲，稱胡逗洲。

唐中期，海安縣又在海陵縣境內(nèi)析出單獨設置，但僅存在14年（708~722）。唐朝廷在胡逗洲設鹽亭場。開元十年（722）設置鹽官，屬揚州海陵縣，隸屬于淮南道。乾符二年（875）設狼山鎮(zhèn)，歸浙江西道節(jié)度使管轄，為防務建置。

五代十國時期，今南通一帶為割據(jù)政權南唐控制。南唐保大十年（952），在海陵縣東鄉(xiāng)重建如皋縣，屬泰州。958年，后周政權軍隊南下，攻克如皋東鄉(xiāng)的靜海并改名為通州，屬揚州管轄，下領靜海、海門兩縣，是通州建州之始。宋代，通州一度稱崇州、崇川，隸屬于淮南東路，領靜海、海門兩縣。元至元十五年（1278），通州升為通州路；至元二十二年（1285），恢復為州，屬揚州路，領靜海、海門兩縣。

明洪武二年（1369），靜?？h并入通州，通州增領崇明縣。洪武九年（1376），崇明縣改隸蘇州府，通州仍領海門縣。清康熙十一年（1672），海門廢縣為鄉(xiāng)，并入通州。雍正二年（1724），通州升為直隸州，隸屬于江蘇布政使司，增領如皋、泰興兩縣。乾隆二十六年（1761）改隸于江寧布政使司。乾隆三十三年（1768），割通州19沙、崇明11沙和新漲的天南等41沙設海門直隸廳。

“中華民國”元年（1912），江蘇臨時省議會決定通州廢州設縣，改稱南通縣，行政區(qū)劃為清宣統(tǒng)時的13市、8鄉(xiāng)。同時，廢海門廳，設海門縣。民國十六年（1927）5月，國民革命軍（北伐軍）抵達南通，成立南通縣政府。民國三年至十六年（1914~1927），南通、如皋、靖江、泰興等縣歸蘇常道管轄；海門、崇明等縣歸滬海道管轄。民國十七年（1928）3月，原屬崇明縣的外沙獨立建置啟東縣。

民國二十三年（1934），江蘇省行政第七區(qū)專員公署設于南通城，下轄南通、如皋、海門、啟東、崇明5縣。民國二十五年（1936）蘇七區(qū)改為蘇四區(qū)，增轄靖江縣?？谷諔?zhàn)爭期間，南通地區(qū)國民黨政府、中國共產(chǎn)黨建立的抗日民主政權、汪精衛(wèi)親日傀儡政權（即汪偽“清鄉(xiāng)”公署）交錯并存。民國三十二年（1943）1月，在國共聯(lián)合抗日的背景下，蘇中行政公署決定劃東臺、泰縣、如皋3縣部分地域設置紫石縣，治所在海安鎮(zhèn)。民國三十四年（1945）抗日戰(zhàn)爭勝利后，如皋西鄉(xiāng)的如西縣復名如皋縣；如皋東鄉(xiāng)的如皋縣定名如東縣。解放戰(zhàn)爭期間，國共兩黨均對南通地區(qū)政權設置多次調(diào)整。

民國三十七年（1948）紫石縣改稱海安縣。 民國三十八年（1949）2月，中國人民解放軍攻占南通城，通如海啟全境解放。華中行政辦事處決定，從原南通縣境劃南通城、唐閘鎮(zhèn)、天生港鎮(zhèn)、陸洪閘和近郊農(nóng)村成立南通市，隸屬蘇皖邊區(qū)第九行政區(qū)（后改為蘇北南通行政區(qū)），行署機關駐南通市。南通縣城遷金沙鎮(zhèn)。

1949年10月，南通專區(qū)隸屬蘇北行政公署，下轄如東、南通、海門、啟東、崇明5縣和南通市。1950年1月，海安、如皋2縣由蘇北泰州行政區(qū)劃歸南通行政區(qū)。5月，南通市改為蘇北行政公署直轄市。1953年1月江蘇建省后，南通市為省轄市，同時建有南通區(qū)（后改為“專區(qū)”“地區(qū)”）。其中“市”管城區(qū)、郊區(qū)，“區(qū)”管各縣。1958年11月，崇明縣劃歸上海市。1983年3月，南通地區(qū)行政公署撤銷，原行署所轄6縣統(tǒng)一由南通市領導，實行市管縣體制。1989年后，啟東、如皋、南通、海門先后撤縣建市（南通縣改稱通州市）。2009年4月，通州撤市建區(qū)，重新成為南通中心城市的組成部分。