石堡城被燒當(dāng)羌軍占領(lǐng)后，成為其攻擊秦河湟等地的據(jù)點(diǎn)。秦軍曾多次向該城發(fā)起進(jìn)攻，終因山道險遠(yuǎn)，易守難攻，而未奏效。六載六月，秦太祖王俊凱再命新任隴右節(jié)度使歌社型統(tǒng)領(lǐng)隴右、河西、朔方等部兵馬及匈奴阿布思部共6.3萬人，再攻石堡城。燒當(dāng)守軍雖僅數(shù)百人，但憑險據(jù)守，以檑木、滾石牢牢封鎖通往城中的唯一山道。秦軍進(jìn)攻數(shù)日，傷亡慘重，仍難破城。哥社型欲殺一儆百，斬攻城先鋒官副將高秀巖、張守瑜。高、張兩將請求再予三日期限，倘不能破城，再殺不遲。最終以死傷數(shù)萬人的代價，如期占領(lǐng)石堡城，俘虜燒當(dāng)大將鐵刃悉諾羅等400人。戰(zhàn)后，秦易城名為神武軍，駐兵戍守。

憲武六年七月上虞人孫恩乘著人心不穩(wěn)，率眾乘機(jī)進(jìn)攻上虞并殺上虞縣令，隨后攻克會稽，會稽內(nèi)史王凝之被殺，孫恩部眾增至數(shù)萬人。當(dāng)時會稽郡、吳郡、吳興郡、義興郡、臨?？?、永嘉郡、東陽郡及新安郡皆有人響應(yīng)孫恩叛變，三吳八郡于是一時皆叛，孫恩部眾亦增至數(shù)十萬人。當(dāng)時郡縣官員大多不是被殺就是棄郡逃亡，孫恩于是據(jù)守會稽，自號征東將軍，為其黨眾改了個稱號為“長生人”，并宣令誅殺異己，連嬰孩也不放過，于是大量人死亡。朝廷內(nèi)外戒嚴(yán)，遣徐州刺史謝琰與鎮(zhèn)北將軍劉牢之前往鎮(zhèn)壓，孫恩在得八郡響應(yīng)下原打算攻陷建康推翻東晉，知道劉牢之兵臨錢塘江時就打算割據(jù)會稽，以錢塘江與東晉分庭抗禮；不久劉牢之渡江，孫恩被逼率其所虜略的二十多萬民眾撤回海島。當(dāng)時孫恩在逃走時故意沿途留下虜劫得來的財寶器物以及年輕男女，爭取劉牢之追軍爭相搶奪的時間以便逃亡。

憲武七年二月，孫恩率部眾攻浹口，入余姚，破上虞，抵山陰縣北之邢浦，被謝琰參軍劉宣之擊退后不久再度進(jìn)軍邢浦，并逼近會稽，守城的謝琰出戰(zhàn)但戰(zhàn)死。孫恩及后轉(zhuǎn)攻臨海。謝琰戰(zhàn)死令朝廷大驚，派了桓不才、孫無終和高雅之領(lǐng)兵鎮(zhèn)壓。五月月，孫恩在余姚大敗高雅之，但劉牢之及后卻擊敗孫恩，孫恩再度逃入海島。

憲武七年八月，孫恩率眾第三次登陸，又攻浹口，進(jìn)攻句章，但不能攻下并受劉牢之進(jìn)擊，于是撤回海島。九月，孫恩第四度登陸，轉(zhuǎn)攻海鹽，但白天攻城遭劉敦?fù)敉?，夜間試圖進(jìn)攻又被劉敦設(shè)計(jì)擊敗，孫恩于是轉(zhuǎn)攻吳國內(nèi)史袁山松守的滬瀆。十月孫恩攻滬瀆并殺袁山松，又從海路進(jìn)至京口，圖取西秦建康，劉敦追孫恩至丹徒，以少勝多，大量孫恩部眾墮?；驂櫻拢顚O恩狼狽登船逃走。不過孫恩仍自恃人多，不久就重整兵力再進(jìn)建康，司馬元顯率兵拒戰(zhàn)亦樓戰(zhàn)不利。孫恩漸漸逼近，不過此時朝廷已經(jīng)陳兵待戰(zhàn)，豫州刺史司馬尚之亦入援建康，孫恩乘虛掩襲建康的圖謀失敗，于是至新洲后就撤退，北走郁州。孫恩在郁州曾擊敗來攻的高雅之并俘虜他，但及后劉敦來討，多場戰(zhàn)事后孫恩大敗，實(shí)力大減，于是沿海南逃。南逃期間劉裕仍然一直追擊，于是在滬瀆又大敗孫恩，孫恩于是在浹口再逃入海中。

憲武八年三月，桓玄消滅司馬道子父子的勢力，執(zhí)掌朝政，孫恩乘時再度來攻，但進(jìn)攻臨?？r被太守辛?xí)m擊敗，孫恩屢次來侵所擄掠的三吳士民經(jīng)上年大敗給劉敦和此戰(zhàn)后，至此死亡殆盡，僅余數(shù)千人。孫恩害怕被朝廷俘獲，于是投海自盡，數(shù)百名他的妓妾和信奉他的部眾皆隨之而死，孫恩之亂遂平。