王源隨即命中郎將辛獠兒為前鋒，于當(dāng)夜直趨高昌城。麴智盛率軍迎戰(zhàn)，被擊敗后退保都城。秦軍力繼至，直抵其城下。麴智盛走投無(wú)路，便給王源來(lái)信說(shuō)：

西域國(guó)王有罪于大秦陛下的，是先王。上天施加的懲罰，已身死離去。智盛即位不久，不知先王罪過的由來(lái)，希望太尉哀憐。

王源回信答復(fù)說(shuō)

王源如果能悔罪，應(yīng)當(dāng)自己捆住雙手站在軍營(yíng)的門口。

但麴智盛仍堅(jiān)守不出。王源遂命將士填塹攻城，又造高5丈可以俯瞰城內(nèi)的巢車，對(duì)城內(nèi)動(dòng)靜了如指掌。城內(nèi)行人走動(dòng)以及飛石所中目標(biāo)，在巢車上的人都大聲告知秦軍，以至高昌人皆在屋中躲避飛石。奉命前來(lái)救援高昌的昆凌軍畏懼秦軍威勢(shì)，也在可汗浮圖城(今新疆吉木薩爾北破城子)投降。麴智盛見大勢(shì)已去，被迫于八月初八開門出城投降。王源繼續(xù)分兵略地，共攻下3郡、5縣、22城，得戶8046，人口3.77萬(wàn)，馬4300匹，占地東西800里，南北500里。秦在其地置西州，在可汗浮圖城置庭州。二十一日，又置安西都護(hù)府于交河城(今新疆吐魯番西北雅爾湖村附近)，留兵鎮(zhèn)守，而后刻石紀(jì)功而還。此戰(zhàn)，秦打通了去西域各國(guó)的通道，促進(jìn)了和西方諸國(guó)的聯(lián)系，同時(shí)也起到遏制匈奴的作用。

王源征討高昌時(shí)，曾派人約焉耆(都員渠，今新疆焉耆西南)與他們合圍高昌，焉耆國(guó)表示愿意聽命。待到攻克高昌后，焉耆王到秦朝軍隊(duì)營(yíng)地拜見王源，并請(qǐng)求歸還曾經(jīng)被高昌奪去的三座城池，王源稟報(bào)朝廷后，將三城連同高昌所掠的焉耆百姓如數(shù)歸還。從而保持了兩國(guó)之間的良好關(guān)系。

九月，王源帶高昌王智盛及其貴族大臣還朝。至此，秦朝疆域“東極于海，西至焉耆，南盡林邑，北抵大漠，皆為州縣，凡東西九千五百一十里，南北一萬(wàn)九百一十八里?！?/p>

十二月初五，王源將高昌俘虜帶到含元殿。王俊凱非常高興，在朝中大擺宴席，三日才散。

王源滅高昌國(guó)時(shí)，由于沒有奏請(qǐng)朝廷便自作主張委任官員，同時(shí)還私自掠奪大量的珍奇寶物，手下將士知道后，競(jìng)相偷盜，王源恐其事被發(fā)，不敢制止。此時(shí)有司以此事對(duì)其進(jìn)行彈劾，王俊凱遂下詔將王俊凱等人拿入獄中。

左丞相易烊千璽認(rèn)為功臣大將不可輕加屈辱，便上疏道：

易烊千璽王源等處在輔佐朝廷的地位，有的職位也是親信助手，一起蒙受朝廷的提拔，擔(dān)當(dāng)將帥的重任，不能正身奉法來(lái)報(bào)答陛下的恩澤，行為恣情放肆，罪大惡極，確實(shí)應(yīng)當(dāng)按刑法制度量刑，以此嚴(yán)肅朝廷的倫理道德。但高昌糊涂迷惑，人與神共同拋棄，在朝廷中商量國(guó)政的，認(rèn)為高昌地在遠(yuǎn)荒，都想把高昌置之度外。只有陛下運(yùn)用獨(dú)有的遠(yuǎn)見和智慧，親授決勝的策略，王源等奉行圣上的策謀，才能夠按期平定消滅高昌逆賊。如果論事實(shí)，都是陛下的功績(jī)，王源等有長(zhǎng)途跋涉之勞，不足以稱贊他們的功勛。然而陛下天賦的德行不主宰，卻把功績(jī)推給將帥。不封的文書剛到，就降大恩，從征的人，都受到滋潤(rùn)洗蕩。到他們凱旋時(shí)，特此蒙受私宴，又對(duì)萬(wàn)國(guó)，加以重賞。內(nèi)外文武，都?xì)g欣陛下賞賜及時(shí)。而沒有經(jīng)過十天半月，又都交給掌刑法的官吏，雖然是王源等自己觸犯法律，而在朝的人卻不知道他們所犯的罪，恐怕國(guó)內(nèi)又疑心陛下只記錄他們的罪過，好像遺漏他們的功績(jī)。臣因?yàn)榈筒?，錯(cuò)誤地參與得到受寵愛的職位，既然有自己的見解，不敢默不開口。