“ 乾隆皇帝東巡時與女子夏雨荷有一段露水姻緣，并生下一個女兒夏紫薇。多年后，夏雨荷病逝。紫薇偕丫環(huán)金鎖帶著當(dāng)年乾隆留下的信物，從濟南千里迢迢到北平城去與失散多年的父親相識。

主仆兩人到京城后根本無法進宮面圣，在走投無路之際遇上了女飛賊小燕子，并結(jié)為好友。小燕子熱心為她想辦法混入宮，但在陰差陽錯中與紫薇互換了身份，成為清宮中的“還珠格格”，而紫薇卻落得一無所有，連唯一的證物都失去了。

皇上為慶賀重獲愛女舉行祭天酬神的儀式，儀仗隊伍行經(jīng)市街，正巧被紫薇、金鎖看到。激動之余紫薇昏倒在地，被大學(xué)士福倫之子福爾康所救。

福府在知道其身世后將她收留。小燕子并非無義之人，只是騎虎難下，加上宮內(nèi)處處不自由，朝中的爭權(quán)、三宮六院的爭寵，更使她對原來的自由生活懷念不已。雖然皇上和令妃對小燕子寵愛有加，卻引起了皇后的反感，五阿哥永琪、福倫的二子爾康、爾泰與小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心后，爾康、爾泰兄弟把收留紫薇之事說出。

一切真相大白，但為了安全，五人決心共守秘密。紫薇與小燕子解除了誤會，與爾康的感情也日深；小燕子與永琪亦產(chǎn)生了情愫，四人礙于身份皆不敢表態(tài)。小燕子將紫薇弄進宮做貼身丫頭，但兩人情同姊妹的感情漸漸讓周圍的人產(chǎn)生懷疑。而皇上對紫薇也有說不出的親切感，卻引起了皇后的妒意。在容嬤嬤的慫恿下，皇后竟派人將紫薇抓進寢宮內(nèi)嚴(yán)刑拷打，又將她關(guān)進密室。小燕子發(fā)現(xiàn)紫薇失蹤后心急如焚，爾康等夜探慈寧宮，終于找到了奄奄一息的紫薇。

次日，小燕子再請乾隆出馬對付皇后，總算將紫薇救出，化險為夷。乾隆南巡下江南 爾康紫薇永琪小燕子等一并同行。期間，經(jīng)歷過采荷一事后，永燕終于表情。

　　 而之后的廟會上，有人行刺乾隆，紫薇擋下了一刀，也是極其致命的。爾康看著乾隆望向紫薇的眼神表情，醋意大發(fā)。

后來回京，乾隆大賞小燕子紫薇。藏王偕公主塞婭前來紫禁城欲向大清示威，派出武士數(shù)十人與大清武將比武，不想被爾康打得七零八落。乾隆龍心大悅。藏王為爭回面子提議合婚，乾隆為穩(wěn)定番邦同意將塞婭公主指婚予福爾康，福爾康與皇上據(jù)理力爭，終于紙包不住火將紫薇的身世說出，至此紫薇身份大白，小燕子難逃欺君之罪。小燕子以其口才和皇上力爭，加上紫薇愿與小燕子同生共死，皇上終于軟化，紫薇、爾康、小燕子、永琪這兩對有情人終成眷屬，爾泰也赴西藏與塞婭完婚。

小燕子、紫薇、永琪、爾康、金鎖等大家開開心心的生活著，直到有一天，皇太后帶著晴兒從避暑山莊回來了，皇太后認為格格們就應(yīng)該乖乖的呆在宮里面，要有大家閨秀的氣質(zhì)，但沒想到卻會遇上小燕子這樣的格格，又有皇后和容嬤嬤在旁挑撥，使得小燕子和紫薇的生活過的如同水深火熱之中。

沒想到這時香妃竟然被送入宮中，對皇上來說，是一個嶄新的挑戰(zhàn)，因為他從沒遇到過有勇氣抵抗他的美女，所以對香妃窮追不舍。但在香妃心中已經(jīng)沒有可容納他的位置了，因為她的整顆心已經(jīng)給了青梅竹馬的蒙丹了。

不打不相識，沒想到以這種方式小燕子等人認識了蒙丹，后又全盤了解蒙丹與香妃之間的海誓山盟，所以決定不計一切代價要讓蒙丹和香妃長相廝守。在這期間，小燕子等人更認識了蕭劍，一位來路不明的俠客。當(dāng)時令妃娘娘剛好生了一位阿哥，也就是以后會當(dāng)皇帝的十五阿哥，在滿月筵席的那天，大家合力把香妃給送出宮去，皇阿瑪一氣之下決定要問斬兩位格格。問斬當(dāng)天，在眾阿哥、格格以及妃子等人的求情下，皇阿瑪已經(jīng)決定要釋放她們倆了，但一聽到五阿哥永琪以及爾康逃獄后，一怒之下，發(fā)了個立即處斬的圣旨。大家原本以為還有一線希望，沒想到等到的是這種結(jié)果，于是大家決定遠走天涯。路途中皇后派人一路追殺，使得小燕子等人逃得更加狼狽，不但金鎖與柳青跌落山崖，紫薇也瞎了眼睛，爾康更身受重傷。

不過好在有蕭劍的協(xié)助，使得大家得以平安的度過危機，不過因為蕭劍和小燕子的態(tài)度曖昧不已，使得永琪醋勁大發(fā)。最后因蕭劍解釋才得知原來蕭劍與小燕子是親兄妹，永琪當(dāng)然也就釋懷了。另一方面，令妃娘娘一直規(guī)勸著皇帝，希望他能收回逮捕小燕子等人的命令，免得后悔也來不及了。

沒想到皇上派出去的人竟回報說有個男的受了重傷，有一對男女掉下懸崖，皇上一聽才知道已經(jīng)后悔莫及了，于是派了福倫下江南去尋找小燕子一伙人。沒想到金鎖因禍得福，因墬堐的事件才了解到柳青對她的重要性，所以他們決定終身廝守。

而且紫薇也奇跡似的眼睛復(fù)明了，之后金鎖、柳青、柳紅終于跟上了大家的腳步，于是大家?guī)徒疰i以及柳青辦了一個簡單、克難式的婚禮。此時，福倫帶著一個好消息出現(xiàn)于大家的面前，那就是皇阿瑪已決定赦免大家了，大伙兒終于可以回去紫禁城了。但大伙兒有感于皇阿瑪?shù)姆磸?fù)無常，所以決定不回皇宮了，他們打算去看看云南的風(fēng)景。

　　 福倫有感于無法說動大伙兒回京，所以采取了拖兵策略，沒想到竟等到皇阿瑪親自出馬。但大伙兒還是不為所動，當(dāng)皇上知道無法挽回時，于是當(dāng)場就交給了兩位格格每人一面免死金牌，而且告訴她們每人有三次機會，而且也給了他們?nèi)ピ颇纤枰谋P纏。

紫薇和小燕子一聽到皇阿瑪還是那么地疼她們，于是決定跟隨皇阿瑪回宮。回宮后，皇阿瑪才發(fā)現(xiàn)原來皇后娘娘暗地里派人追殺小燕子等人，原本打算殺了容嬤嬤以及皇后，沒想到紫薇與小燕子竟然不計前嫌地拿出免死金牌為皇后以及容嬤嬤求情，但皇阿瑪決定將十二阿哥交由令妃看管，到最后，還是紫薇求情，十二阿哥才得以回到皇后身邊。

經(jīng)過這番風(fēng)風(fēng)雨雨，皇后及容嬤嬤終于大徹大悟，并且皇太后意識到之前所有的一切一切都是皇后挑撥所造成的，所以她丟下身段向大家說聲對不起。最后小燕子與永琪、紫薇與爾康同一天成婚，當(dāng)天晴兒與蕭劍第一次碰面，雙方都被電到了，很有可能擦出愛的火花。而且因為小燕子和紫薇是同時出閣的關(guān)系，竟然會出現(xiàn)新娘走錯洞房的笑話出現(xiàn)。

小燕子雖然已與永琪完婚，依舊是笑話常鬧，禍?zhǔn)虏粩嗟摹伴_心果”。

爾康和紫薇已結(jié)婚并有一子。在隨皇阿瑪“南巡”途中，山東正鬧饑荒，小燕子一激動，將隨身攜帶的食物全部給了災(zāi)民，乾隆也只好忍饑挨餓。

山東地方官為了討好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、爾康、紫薇聯(lián)想到災(zāi)民慘狀，忍不住大鬧酒席，乾隆也被他們的正義行為所感動。

“南巡”路上，紫薇和爾康恩恩愛愛，永琪和小燕子快快樂樂，只有晴兒和蕭劍陷入相愛卻不能相聚的痛苦之中，小燕子對哥哥的痛苦看在眼里，掛在心中。

到了杭州，她與永琪、紫薇、爾康商量好，偷偷安排了一條船，掩護晴兒與蕭劍相會，衛(wèi)兵誤以為刺客，欲登船擒拿，小燕子等人倉卒出手，打斗驚動了皇上和皇太后，也暴露了晴兒與蕭劍的戀情，受到了太后的斥責(zé)。

此時乾隆無心關(guān)注兒女之事，因為他的心已被青樓美女夏盈盈所迷，并宣稱要封夏盈盈作妃子。此事驚動了太后和皇后，皇后為保全皇帝的聲譽血書懇切力諫，乾隆大怒，將皇后遣回京城。

皇后幾年來洗心革面修復(fù)的夫妻之情傾刻化為烏有，最終只能面對“削發(fā)為尼”的結(jié)局。其實在南巡路上，大家還認識了海寧陳邦直的小女兒知畫，太后看她溫柔嫻雅，又多才多藝，決定把她帶回京城，而知畫和她的父母竟然毫不猶豫地答應(yīng)了。

晴兒看到知畫來到太后身邊，頗得太后歡心，決定和蕭劍遠走高飛。爾康又假傳圣旨，用金牌令箭放走了他們，乾隆大發(fā)雷霆，無奈之下，簫劍和晴兒這對苦命鴛鴦又趕了回來。

回到京城，太后查清了小燕子兄妹的身世，為防不測，將蕭劍囚禁起來，在營救過程中，小燕子知道了殺父仇人竟然是最親近的皇阿瑪。

從此，她對永琪的愛漸漸冷卻，對乾隆的恨漸漸加深。

為了保守秘密，太后提條件讓永琪娶知畫，婚禮當(dāng)天就會放了蕭劍，小燕子為了救哥哥，只好忍痛割愛，無奈之下，永琪和知畫完成了婚禮。

他們成親以后，小燕子與知畫的沖突不斷，知畫為了得到永琪，也打算與小燕子展開一場戰(zhàn)爭。

邊疆的戰(zhàn)火燃起，死里逃生的永琪與爾康率大軍揮師南下，反擊緬甸軍隊的進犯，清軍雖然大勝而歸，也帶回了戰(zhàn)死沙場的爾康的尸體。

紫薇悲痛欲絕，為了與在天國的愛人相會，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飛出成千上萬的蝴蝶，組成彩色的云團托起紫薇，迷幻中有人告訴她：爾康沒有死。而就在大家沉浸在悲痛之時，知畫產(chǎn)下一子，取名綿億，這使小燕子的醋意更加濃密。

爾康真的沒有死，緬甸王猛白的八公主在刀光劍影中愛上了爾康，乘爾康受傷將其搶回行宮用“調(diào)包”的假象蒙騙了永琪，也蒙騙了紫薇，因受傷而意識模糊的爾康錯把公主當(dāng)成紫薇，深陷敵國且被迫成親。蕭劍知道此事后來到燕京告訴紫薇真相，雖然沒有把握，但是紫薇卻深信這是真的。

大家面見乾隆，言談之間卻把乾隆與小燕子有仇的真相揭開了，小燕子因為仇恨而失去理智，她拔下永琪的劍刺向乾隆，永琪奮力搶救，中劍的永琪卻倒在血泊之中。

痛定思痛，小燕子心中的仇恨之火終于被永琪、紫薇的真愛之泉所澆滅。紫薇決定南下尋夫，永琪為了小燕子也決定放棄王位，離開皇宮，乾隆不但成全了他們，也成全了蕭劍和晴兒這對苦苦的戀人。

離開時，知畫抱著綿億追著永琪，小燕子也終于知道知畫對永琪的感情，可是馬車頭也不回地走了。一行五人歷經(jīng)千辛萬苦，終于在異國他鄉(xiāng)與爾康相聚，各訴衷腸。

星移斗轉(zhuǎn)，隱居在大理的永琪和小燕子早已兒女滿堂，一天兩位不速之客突然光臨，永琪小燕子一見，大吃一驚，竟然是日思夜想的皇阿瑪和爾康。蕭劍和晴兒帶著兒女趕來相聚，三代人歡聚一堂，陣陣笑聲久久回蕩在天上人間。