小智一行人在一座名叫蘑蘑菇森林吃早餐時，因為龍蝦小兵把火雉雞的飯吃掉了，火雉雞十分生氣，跟龍蝦小兵打了起來，小智四人和其它神奇寶貝十分苦惱。就在火雉雞和龍蝦小兵終于停歇下來的時候，火箭隊把憤怒的斗笠菇們引的過來，而且武藏進一步激怒了它們，斗笠菇們同時使出音速拳把小智他們和火箭隊打飛了，小智等人分散了。小智等人經過一番的尋找和逃跑，終于在一座峽谷匯合了，但那座峽谷是蘑蘑菇和斗笠菇的巢穴。火雉雞為了保護受傷的龍蝦小兵，進化成了力壯雞，并憑借著自身的實為，贏得了斗笠菇們的友情，與斗笠菇一起打飛了火箭隊。

現在，小智一行人走在距離茵郁市不遠的地方

小智今天天氣真好。

皮卡丘皮卡皮卡~

“滴答~”

小遙下雨了。

天空下起了雨來，小智四人連忙往前跑，尋找避雨的地方

小智那邊有棵樹。

小剛去那里躲雨。

“轟隆隆——”

就在小智四人即將跑到樹下時，一道黃色的閃電打在了樹下

小勝啊，這一次變成打雷了。

小勝剛說完，天空下起了雪

四人啊！

小遙怎么會變得下雪？

就在這時，刮起一股強風，變成了暴風雪

小智這到底是怎么回事?。?/p>

這時，飛過來一只神奇寶貝

小智是漂浮泡泡。

漂浮泡泡hu~a~

小智我知道了，請你帶路。

小智四人跟著漂浮泡泡沒走幾步，天空就放晴了

小勝這一次又變成好天氣耶。

小剛到底是怎么一回事??？

小遙啊，你們看。

小智三人看向漂浮泡泡，漂浮泡泡變了個樣子

小遙漂浮泡泡的樣子改變了耶。

小智漂浮泡泡的外型和屬性會隨著天氣改變。

這時，跑過來穿著研究服的一男一女，女子的肩膀上趴著一只百變怪

巴魯各位。

漂浮泡泡趴到男子肩膀上

咪莉對不起。

巴魯剛才的天氣是我們的研究所造成的。

小遙改變天氣，你們是怎么辦到的？

小剛漂亮的大姐姐，小生名叫小剛。

咪莉啊。

小智哎~

小遙他又開始了。

小勝真是的，你不要太夸張了好不好…

小勝邁出腳步，發(fā)現小剛沒有進一步的動作，便把腳收了回來

小智怎么了？小剛。

小遙情況跟平常不太一樣。

小剛哎~我自己也覺得有點納悶，該怎么講呢，好像提不起勁來。

巴魯抱歉，我還沒有自我介紹，我是天氣研究所的所長巴魯，這位是咪莉。

小智你們好，我是小智，這位是小剛，他們是小遙跟小勝，以及我的搭檔皮卡丘。

巴魯如果不介意的話，大家要不要到我們研究所休息一下呢？

四人謝謝你們的邀請。

隨后，小智四人跟著巴魯和咪莉走了一段路程

巴魯好，應該看到了吧。

小智四人抬頭，看到山坡上的建筑物，一旁是一座如同收訊塔的裝置

巴魯那里就是天氣研究所。

咪莉然后，那個巨大的天線就是天氣控制機。

說著，小智等人來到了天氣研究所

小遙這么說，是那個創(chuàng)造出各種天氣的咯。

咪莉一點都沒錯。

巴魯那么，咪莉，就麻煩你帶領小智他們到里面去吧。

咪莉好的，巴魯先生。來吧，各位，請這邊走。

四人是。

而后，咪莉帶著小智四人在研究所內參觀

咪莉我們這里的電腦會接收來自世界各地的資料，這其中也有被稱為[天地災變]的資料，你們知道嗎？

小智(天地災變…)原來是這樣啊。

咪莉帶小智四人來到一間工作室

咪莉這里就是中央機械室。

小遙好驚人哦。

小勝這里有好多從來沒有看過的機器耶。

小剛這里的最新設備非常的充實吧。

咪莉是啊。

小智轉頭看向一旁，看到一臺機器上的屏幕上顯示著外面的影象

小智那架直升機是…

而后，小智跑出中央控制室，小遙和小勝想要跟上去，被小剛拉住了

小剛交給小智吧，我們在這里觀望。

小智跑到一個轉角，拿出掌上電腦，黑掉了研究所的監(jiān)控器，監(jiān)視海洋隊，并黑進了研究所的主電腦

小智不對勁，海洋隊出現了，熔巖隊卻沒有出現，以之前的情況來看，熔巖隊知道了海洋隊的行動，應該會來破壞才對。

研究所外面

泉美有沒有發(fā)現目標的資料？

海洋隊成員A現在正在跟主電腦連線，還在檢索當中。

泉美動作快一點，里面應該會有超古代神奇寶貝的資料才對。

巴魯超古代神奇寶貝，我們所擁有的超古代神奇寶貝的資料……我問你們，你們是不是想得到固拉多與蓋歐卡的資料。

小智原來如此…如果這里有固拉多與蓋歐卡的資料，那么熔巖隊一定會來，現在一定躲在某個地方。

泉美我沒有必要回答你們的問題。

海洋隊成員A解不開，要從主電腦取出資料的話，好像需要有專用的通行卡才行。

小智你們需要通行卡，可我不需要。

小智從背包里拿出一根黑色的數據線，一頭插入電腦的USB接口，另一頭插入通訊器，電腦屏幕上顯示‘正在進行身份認證’…‘認證成功’，通訊器的屏幕上顯示了大量的資料

小智(一邊操作一邊監(jiān)視外面的情況)好，接下來把超古代神奇寶貝的資料復制一份出來，再把這些錯誤的信息植入進去……好了，這樣就可以了。

小智看向掌上電腦，看到漂浮泡泡跑進了換氣口，只好收起掌上電腦和通訊器，跑回中央機械室。