高昌王麴文泰早在建弘元年（630年）就曾親自到洛陽覲見秦武昭帝，貢獻方物。后麴文泰依附西突厥，阻遏西域各國通過其境向秦入貢，并發(fā)兵襲擾內(nèi)附的伊吾（都今新疆哈密）、焉耆（都員渠，今新疆焉耆西南）等國。由于高昌位于秦王朝通往西域各國的交通要道，地理位置重要，故秦神章帝決心除掉這個障礙。

龍興元年，薛延陁部落遣使上書，請求為秦軍向?qū)?，討伐高昌。至此，秦神章帝下詔征麹文泰入朝，想給麹文泰最后一次機會，示以禍福，冀其悔過。麹文泰稱疾不至。

同年十二月，秦朝中央任命吏部尚書、陳國公侯君集為交河道行軍大總管，左屯衛(wèi)大將軍、永安郡開國公薛萬均、左屯衛(wèi)將軍、通川縣開國男姜行本為副總管，左驍衛(wèi)將軍薛孤吳仁、左武衛(wèi)將軍牛進達等人為行軍總管，征調(diào)“山東善為攻城器械者，悉遣從軍”，集結(jié)大軍，聯(lián)合突厥契苾等部族兵馬，步騎數(shù)萬征伐高昌。

秦軍未至時，麹文泰還持樂觀態(tài)度，對所親近的人說：“吾往者朝覲，見秦、隴之北，城邑蕭條，非復有隋之比。設今伐我，發(fā)兵多則糧運不給；若發(fā)三萬以下，吾能制之。加以磧路艱險，自然疲頓，吾以逸待勞，坐收其弊，何足為憂也？”又言：“秦國去此七千里，涉磧闊二千里，地無水草，冬風凍寒，夏風如焚。風之所吹，行人多死，當行百人不能得至，安能致大軍乎？若頓兵于吾城下，二十日食必盡，自然魚潰，乃接而虜之，何足憂也！”

龍興二年五月十日秦軍到達伊吾，副總管姜行本先出伊州，在天山柳谷百余里外，依山制造攻具。此時麹文泰病死，其子麹智盛繼位。侯君集大軍匯集于柳谷，諸將請求攻擊安葬麹文泰的高昌國人，侯君集認為此舉不合禮義。于是秦軍開始攻打田地城。田地城作為高昌最為重要的三城之一（中間為國都高昌城，西面為車師前國故都交河城，東面為戊己校尉故治所田地城），守軍嚴密。侯君集先是勸降，不果。唐軍于是采木填壕，推撞車撞其城樓，于數(shù)丈外挖地道，以拋石車投石擊其城中，“其所當者無不糜碎”，高昌守軍以氈被抵擋拋石，但也阻礙了守軍的防御，秦軍乘機登城，田地城被攻下，城中男女七千余人被俘。仍進軍圍攻其都城高昌。麹智盛致書于侯君集：“有罪于天子者，先王也。天罰所加，身已喪背。智盛襲位未幾，不知所以愆闕，冀尚書哀憐?！焙罹粡?，讓其開城投降。麹智盛猶在抵抗不出。秦軍填壕拋石，又設立十丈高樓，俯視城內(nèi)，有行人被飛石所中，皆高聲喝彩。守軍多躲在室避石。至八月，麹智盛在得知西突厥盟軍欲谷設西走千余里躲避秦軍，絕望之下開門投降。之后秦軍分兵掠地，高昌三郡、五縣、二十二城皆被拿下。

秦朝在平定高昌麹氏王朝后，鑒于高昌地區(qū)的重要性，決定按照中原的制度在高昌實行州縣制，以高昌為西州，并在交河城設置了安西都護府。又設置了折沖府，以便唐朝政府能夠在西州地區(qū)征集一部分軍隊。這些折沖府的府兵對打擊西突厥、抵御吐蕃、維護絲綢之路發(fā)揮了重要的作用。