故事地點(diǎn)建立在黃泉入口的皆神村，為了鎮(zhèn)住在黃泉入口鳴動(dòng)的[虛]，舉行將[雙子]當(dāng)成[紅贄]獻(xiàn)出的儀式就是[紅贄祭]。但是當(dāng)鎮(zhèn)住虛的力量減弱時(shí)，就必須再獻(xiàn)出紅贄，否則當(dāng)虛的怨氣爆發(fā)，將導(dǎo)致[大償]發(fā)生(跟零的[禍刻]一樣)令村子毀滅。而皆神村正好每隔一定的周期就會(huì)產(chǎn)下雙子，而雙子則被認(rèn)為原本是一個(gè)人，但是卻被分開(kāi)產(chǎn)出，就是為了要當(dāng)紅贄祭中的紅贄，因?yàn)榇迕裣嘈旁诩t贄祭中，由雙子中的一人殺死另一人時(shí)，雙子就會(huì)合而為一，并釋放出強(qiáng)大的力量，這力量能夠陣壓住虛，也才能保護(hù)村子的平安，而代代擔(dān)任紅贊祭主祭神主的就是黑澤家。

最后一次成功的紅贊祭是由桐生家的雙子茜與薊完成的，但是茜在殺了妹妹薊后感到痛苦萬(wàn)分，於是身為人偶師的父親為了彌補(bǔ)茜失去妹妹薊的痛苦，因而為茜設(shè)計(jì)了雙子人形。然而隨著時(shí)間的過(guò)去，那個(gè)妹妹的人偶似乎真的被薊的靈魂附身(事實(shí)上是被其他惡靈附身)，像這樣被靈魂附身的人偶，人偶師稱之為[軀]，傳說(shuō)軀會(huì)奪走他人的靈魂，因此是不被允許存在的。察覺(jué)有惡零附身在人偶身上時(shí)，身為人偶師的父親決定要將軀丟進(jìn)虛里，而害怕被毀滅的軀不斷告訴茜不要再殺死她，對(duì)妹妹抱持著愧疚的茜，便帶著軀的部分零件逃走，甚至最后在軀的控制下，茜終於殺死了自己的人偶師父親。

平和的日子過(guò)去了，皆神村又要再一次舉行紅贄祭，這次是由立花家的雙子睦月及樹(shù)月舉行儀式，他們是心地善良又感情深厚的兩兄弟，但是當(dāng)舉行儀式時(shí)，由於樹(shù)月無(wú)法親自對(duì)睦月下手，所以睦月是由祭司殺死，雖然說(shuō)睦月的確是在儀式中被殺死，并且也被丟進(jìn)虛中，但是由於樹(shù)月對(duì)睦月的思念太過(guò)強(qiáng)烈，使得紅贊祭失敗，虛并未被鎮(zhèn)壓住。實(shí)際上這種定期舉行的紅贊祭稱為[陽(yáng)祭]，而當(dāng)陽(yáng)祭失敗時(shí)就必須舉行[陰祭]，用來(lái)暫時(shí)防止虛的怨氣爆發(fā)，以賺取舉行下次陽(yáng)祭的時(shí)間，而陰祭的內(nèi)容就是將做為祭品的人，舉行[身削儀式]變成人柱般的[楔]，再丟入虛中。如果當(dāng)陽(yáng)祭與陰祭都失敗時(shí)，便會(huì)發(fā)生大償，也就是毀滅的時(shí)刻。因此村民為了補(bǔ)償陽(yáng)祭的失敗，所以看上了當(dāng)時(shí)來(lái)到村子做民俗調(diào)查的真璧清次郎以及他的助手宗方良藏，并選定真璧清次郎作為陰祭的祭品，也就是楔。為了不讓真璧清次郎發(fā)現(xiàn)他們的意圖，村民於是將樹(shù)月關(guān)在藏的牢房里，避免他向真璧清次郎通風(fēng)報(bào)信。然而當(dāng)樹(shù)月知道了下一次陽(yáng)祭的主角將是黑澤家八重跟紗重姊妹時(shí)，便寫(xiě)信給兒時(shí)開(kāi)始的友人宗方良藏，請(qǐng)他將兩姊妹帶離皆神村，因?yàn)闃?shù)月曾與睦月約定「不要讓同樣的事再發(fā)生在另一對(duì)雙子身上」，在確知宗方會(huì)幫忙與兩姊妹逃走之后，樹(shù)月以為已經(jīng)完成了當(dāng)初與睦月的約定，對(duì)於睦月的死一直無(wú)法釋?xiě)训乃?，在了無(wú)牽掛后於是便在藏里上吊自殺。然而，他卻不知道，真正逃出村莊的只有宗方良藏與黑澤八重。

而立花家還有一個(gè)可愛(ài)的小妹妹立花千歲，這個(gè)可愛(ài)的紅衣小女孩身體一直不好，每當(dāng)家里有客人來(lái)時(shí)就常常躲到柜子里，然而當(dāng)大償時(shí)刻來(lái)到之時(shí)，她也是因?yàn)楹ε露阍诠褡永?，可是最后仍然躲不掉死亡的命運(yùn)。另外，她對(duì)於哥哥樹(shù)月被關(guān)在藏的牢房里，千歲把責(zé)任歸咎於八重跟紗重姊妹，認(rèn)為如果不是為了要幫她們逃跑，哥哥也就不會(huì)被關(guān)起來(lái)，因此當(dāng)澪來(lái)到立花家時(shí)，由于澪被八重附了身，她認(rèn)為澪就是八重，所以對(duì)她展開(kāi)襲擊。

仍然蒙在鼓里的真璧清次郎，被以允許他看虛為由招待到黑澤家，接著就被抓起來(lái)關(guān)到牢里，然后就被當(dāng)成陰祭的[贄]了。在陰祭中，被當(dāng)成楔的生贄所受到的痛苦越大，就能變成越強(qiáng)的楔，於是真壁全身被切割，又被繩子吊著舉行提高其痛苦的身削儀式，最后被丟入虛里，結(jié)果變成楔的真壁因此對(duì)村子充滿著怨恨，因此在大償之日和紗重一起出現(xiàn)，為了讓村人嚐到他所受的痛苦而大肆展開(kāi)虐殺。

由於立花兄弟的儀式失敗，在舉行陰祭后的隔年，就輪到黑澤家八重跟紗重姊妹成為下一次陽(yáng)祭的雙子巫女，然而八重為了紗重著想而不愿舉行紅贄祭，於是就在儀式當(dāng)天帶著紗重逃亡，再加上由於樹(shù)月的幫忙，使得她們有機(jī)會(huì)逃出皆神村，可是在逃跑的過(guò)程中，身體較差又常依賴姊姊的紗重，不小心摔下了山坡，而被村人抓了回去，雖然她相信姊姊一定會(huì)回來(lái)救她，然而結(jié)果八重并沒(méi)有出現(xiàn)，於是她心中開(kāi)始產(chǎn)生了絕望，再加上回到村子后她看到樹(shù)月的尸體而痛哭，認(rèn)為都是因?yàn)樽约禾幼叩腻e(cuò)，所以樹(shù)月才會(huì)死，因而終於斷了活下去的念頭，於是同意進(jìn)行紅贊祭。然而在缺少另一名雙子巫女下，絕望的紗重被用連繩吊死丟入虛中，可是在儀式中殺死紗重的并不是身為雙子的八重，因此即使紗重被丟進(jìn)虛里，仍然無(wú)法阻止虛中的怨氣爆發(fā)，這個(gè)錯(cuò)誤的儀式導(dǎo)致虛大開(kāi)，發(fā)生了大償，於是紗重和真璧清次郎的靈魂，懷著怨恨隨著大償?shù)臅r(shí)刻降臨，把活下來(lái)的村人逐次虐殺，邊看著村人死去邊狂笑的少女，她的笑聲據(jù)說(shuō)連村外都能聽(tīng)見(jiàn)，在虐殺完所有的村人后，紗重在無(wú)人的村里靜靜地等著姊姊回來(lái)。

八重和紗重雖然順利的逃出了皆神村，然而逃亡途中紗重滑落山谷，因而與八重失散．八重因擔(dān)心著留下的紗重而決定要回去找她，可是卻在山上迷失了方向，等到回到原處時(shí)村子卻已經(jīng)消失，不知該如何是好的八重就在村子入口處哭泣，此時(shí)因?yàn)橄惹罢骅登宕卫梢然厝ザ欢入x開(kāi)村子的宗方良藏，遵守著和樹(shù)月的約定再次拜訪村子，找到了正在哭泣的八重，由於受到樹(shù)月的托付，於是宗方照顧著受到?jīng)_擊而失憶的八重，在相處的期間兩人結(jié)為連理，之后還生下了女兒宗方美琴，后來(lái)他們夫妻為了調(diào)查冰室家的秘密，結(jié)果死在冰室家中，美琴就被一代主角深紅的曾祖父收養(yǎng)，后來(lái)與深紅的祖父結(jié)婚生下深雪，深雪又生下了兒子真冬與女兒深紅，成為一代[零]故事的主線家族之源。

被毀滅了的皆神村，由於虛的封印被完全解除，闇由虛里面溢出，人們一旦吸入了闇，會(huì)在其中見(jiàn)到黃泉，因而發(fā)狂至死，被闇包住的村子有著任誰(shuí)也無(wú)法逃出的黑夜，村子從外面看起來(lái)就像是被霧包住的一片森林，然而一旦被引誘進(jìn)去，就再也不會(huì)回來(lái)，因此被世人稱為[從地圖上消失的村子]。若乾年后的一天，好幾年沒(méi)回來(lái)的天倉(cāng)姐妹來(lái)到了許久未再來(lái)的森林中，由於靈感力較強(qiáng)遭遇又類似紗重的姐姐繭，受到了紗重的呼喚，因而被引誘至從地圖上消失的村子中，而擔(dān)心不已的妹妹澪也一路追了上去......