（下面是回憶的情節(jié)，具體請看動畫）

公元2029年，日本爆發(fā)了一種病毒，叫做“天啟病毒”。2029年12.24，以“LostChristmas”為契機(jī)，日本失去了權(quán)力，被賦予表面自治權(quán)，日本開始了短暫的和平。

而在十年后的2039年，一個少年，櫻滿集，在偶然的機(jī)會下，偶遇了網(wǎng)絡(luò)歌手楪祈。在無意間，集在祈與涯引導(dǎo)之下，與葬儀社而發(fā)生了關(guān)聯(lián)。爾后因?yàn)殛P(guān)系緊迫獲被女主使用了虛空基因組，他的右手上出現(xiàn)了“王之刻印”。通過刻印，集可以自在地從人的身體里抽取出名為“void（虛空）”的物質(zhì)，并以借此為武器得到戰(zhàn)斗的力量。然而，集并不知道，這，為他的生活帶來了巨變。

在獲得“王的力量”后，集開始與葬儀社的戰(zhàn)友們一起戰(zhàn)斗。在這個過程中，他認(rèn)識了葬儀社的首領(lǐng)-恙神涯，以及其他成員，筱宮綾瀨，鶇，城戶研二，還有葬儀社軍師，四分儀。在他們的引導(dǎo)下，集逐漸明白了，所謂“GHQ”，表面上維護(hù)日本，實(shí)際上，他們是想引發(fā)第四次啟示錄病毒。他們試圖喚醒“夏娃”，與“亞當(dāng)”結(jié)合，再次引發(fā)“Lostchristmas”。而葬儀社則為了阻止這種情況，不斷的戰(zhàn)斗著。

但是，集在成長的過程中，也逐漸明白了人心。他明白了什么是朋友，是魂館颯太教給他的；他也明白了外表與內(nèi)心不一的寒川谷尋，為了自己而多次背叛他。在一次任務(wù)中，集因?yàn)闆]有救下寒川谷尋的弟弟，而導(dǎo)致心理陰影。因此，下一次的任務(wù)，集不敢抽出虛空，導(dǎo)致任務(wù)臨近失敗。后來，在校條祭的安慰下，告訴朋友們真相，并一同去救葬儀社的各位。然而，在任務(wù)途中遇到“神識”，試圖復(fù)活被夏娃附體的櫻滿真名，記憶恢復(fù)，使“王的力量”進(jìn)階，被迫刺死了恙神涯，救下楪祈。而也因?yàn)檫@次任務(wù)，導(dǎo)致了“GHQ”封鎖了東京，包括櫻滿集所在高中，天王洲高中。而楪祈，鶇，筱宮綾瀨也隱瞞身份，混入學(xué)生當(dāng)中。

可是，由于與家分離，天王洲高中的學(xué)生們極度恐慌，而學(xué)生會長供奉院亞里沙也被質(zhì)問，可不可以離開。無奈之下，櫻滿集只好把“void”的事情說了出來，試圖打造一個“空洞王國”。寒川谷尋提出“空洞等級制”，集不支持。后來，由于“GHQ”入侵，試圖消滅學(xué)生，而集與校條祭也受傷。后來，校條祭用空洞繃帶救活了集，自己卻因空洞被掃射破碎而死。集醒來后悲憤欲絕，決定建立一個等級制王國。由A-F等排列，魂館颯太也被排為F級別。后來由于集的制度殘暴，學(xué)生們決定改革。在集摧毀東京鐵塔后，學(xué)生們在亞里沙的策劃下，將集包圍。后來，被神識復(fù)活的恙神涯，用祈的虛空砍下了集的右手，獲得了王的力量。而祈也帶著集逃走。

后來，在“GHQ”追捕祈與集時，祈找到了自己內(nèi)心真正的情感--對集的愛。然后，她一人沖了出去，暴走擊敗了“終極咆哮”，卻被恙神涯抓住，帶走了。而恙神涯的目的其實(shí)是為了復(fù)活真名，使啟示錄病毒再次爆發(fā)。祈被帶走后，集找到了亞里沙，要求她帶集去找祈，但是此時櫻滿春夏（集的媽媽）正在被追捕，兩人只好去找櫻滿春夏。而“GHQ”先找到了櫻滿春夏，想得到她手上的“虛空基因組”，獲得“王的力量”。就在虛空基因組即將被拿走時，集趕到了，重新獲得“王的力量”，并且殺死噓界，決定要去拯救祈與涯。后來在商討計(jì)劃時，四分儀拿來了被GHQ存放的櫻滿黑周的日記，同時，櫻滿集與魂館颯太和好。而后，便帶上伙伴的虛空，前往戰(zhàn)斗。

他們抵達(dá)戰(zhàn)場時，首先用鶇的虛空復(fù)制了一模一樣的人偶，大致了解了敵人的防御水平。而涯已經(jīng)知道他們?nèi)肭郑呀?jīng)做好了準(zhǔn)備。并且，涯消除了祈的記憶。在記憶消失前，祈把和集的種種都回憶了一遍。最后，祈留下了眼淚，淚水化為一朵花。然后，，她唱起了歌，而歌只有集可以聽到。他跟著歌聲，來到了指揮室，卻不料“神識”--Daath在這里等著他們。Daath勸說集成為亞當(dāng)，開創(chuàng)新世界，被集拒絕。隨后，Daath準(zhǔn)備奪走集的“王的力量”，卻被集打敗，讓集來到了涯所在的地方。可惜，此時真名已經(jīng)蘇醒。蘇醒的真名仍然想讓集成為亞當(dāng)，被集拒絕。隨后，真名便開始了舞蹈，準(zhǔn)備引發(fā)第四次啟示錄。集上前阻止，卻被涯擊倒在地。就在集以為自己要死去時，他看到了那朵花。那朵花上有祈的幻影。集受到鼓舞，抽取了虛空（花中劍）。而劍抽出來的時候，真名的舞蹈也因此停下，而籠罩地球的光也因此消失，真名也因此失明。涯也被集打敗，研究所將要倒塌。在研究所倒塌前，達(dá)利魯被研究員救下，并被告誡做一個好人（后面是重要人物）。涯掉下去時，集用最后一擊，擊敗了涯。在涯死前，集來到涯的幻想世界（即幻想鄉(xiāng)），并在這里看到了同學(xué)與十年前的圣誕前夕。涯早上去，抱著真名，化為結(jié)晶，走了。隨后，集又回到了現(xiàn)實(shí)。

回到現(xiàn)實(shí)后，集看到了祈，祈在呼喚他的名字。不過此時祈已經(jīng)失明。她抱住了集，眼淚不住的往下流。集準(zhǔn)備用“王的力量”將世間一切全部吸收，卻被祈發(fā)現(xiàn)意圖。祈將自己僅剩的短短的生命線編織成了花繩，將它交給了集。集由于繼承了祈的生命線，也因此失明。隨后，建筑物倒塌了。

至此，便是兩年前的所有回憶。