故事發(fā)生在未來科技高度發(fā)達(dá)、人類開始星際殖民的“星紀(jì)元”時代。

人類的母星地球以及殖民星球，在幾天內(nèi)被不明“X物質(zhì)”侵襲，全部失守。為了生存，僅存的人類把一顆小行星炸成八塊，建立了8艘方舟太空母船，開始在太空流浪。是為新紀(jì)元“星海紀(jì)元”的開始。

游戲故事的發(fā)生地是方舟2號阿格萊亞號。肩負(fù)延續(xù)人類文明的重任，阿格萊亞號決定利用克隆技術(shù)和基因優(yōu)化來培育新一代人類。

星海44年，星海學(xué)院建立，天機(jī)院、神御院、龍皇院負(fù)責(zé)培育不同技能的新人類。星海60年，游戲開場。一批13歲左右的孩子被集結(jié)起來，他們當(dāng)中既有熱血少年，也有蘿莉御姐型天才少女；既有阿格萊亞統(tǒng)治者后代的高等人，也有地下城出生的劣等人……

作為星海學(xué)院的一員，玩家被通知將要入學(xué)開始新的生活，在助手的協(xié)助下，玩家開始探索方舟及宇宙，并獲得精美卡牌，不斷提升卡牌技能，邀請好友并肩同“X物質(zhì)”戰(zhàn)斗，一起守護(hù)宇宙流亡人類最后的火種。

星球消亡，人類無處可去，方舟阿格萊亞號是一個人類用隕石造成的巨型飛船，得以可以暫時棲居其上。被稱為“銀月之阿格萊亞”，全長60千米的巨大太空船。最寬處約25千米。人口為二百萬。

外觀略呈鏟頭型，前端為圓弧，后端略平。側(cè)視為子彈形，前端收窄。后視呈橄欖形，水平向?yàn)殚L軸。在主體兩側(cè)原本有六片掠翼，后來拆卸了兩片，只剩下四片略翼改為外部實(shí)驗(yàn)室。

下半部分約二分之一到三分之一都是外觀為粗獷的天然巖石，能夠見到一些隕石坑的痕跡。

后方舊推進(jìn)器已經(jīng)廢棄，底部設(shè)有使用星塵能源的推進(jìn)口。航行時飛船底部呈現(xiàn)出一種類似洋流的由星辰和小行星構(gòu)成的唯美光帶。

上半部分為金屬的外表，能夠看到極為細(xì)小的通道口。

在高速航行時，所有的保護(hù)遮罩必須關(guān)閉。只有當(dāng)停靠在星際遺跡附近時，遮罩會打開。

學(xué)院介紹

龍皇院

龍皇院龍皇院的學(xué)生能夠在體內(nèi)吸收并凝聚星塵，控制星塵分布在身體某個部位或與身體接觸的金屬上，并用來強(qiáng)化自身的攻防能力。星塵凝聚會對身體和裝備造成改變，分子結(jié)構(gòu)逐漸被星塵和暗物質(zhì)取代導(dǎo)致結(jié)晶化。

擅于近身戰(zhàn)斗。

神御院

神御院神御院的學(xué)生由于基因突變在體內(nèi)生長出一個稱作“御神體”的器官，因此可以通過“御神體”控制暗物質(zhì)，施展出類似“魔法”的戰(zhàn)斗技能。

擅長中遠(yuǎn)程戰(zhàn)斗。

天機(jī)院

天機(jī)院天機(jī)院的學(xué)生有兩類，一類是體內(nèi)X基因十分活躍，能夠使用自己體內(nèi)的X物質(zhì)來同化并改造機(jī)甲；另一類是因基因技術(shù)產(chǎn)生的非人類生物（古生物、外星生物等）。同化改造均有一定的風(fēng)險，不僅外貌上會產(chǎn)生極端變異，而且也有失敗暴走的可能性。改造后的機(jī)甲可通過意念或觸摸來操控。

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以上是游戲設(shè)定，小說設(shè)定的人物和游戲完全不一樣。比如游戲里的里爾其實(shí)是一個來自平民窟的少年，來星海學(xué)院的錢都是璐琪琪幫忙支付的。小說里搖身一變，變成了科學(xué)院著名研究員的兒子

而且游戲里出現(xiàn)了一個金發(fā)的男子。和主角還有米娜，璐琪琪一起組建了一個團(tuán)隊專門接任務(wù)，從而讓里爾還清債務(wù)