到洪武二十三年（1390年），功臣太師李善長(zhǎng)等人也以與胡惟庸“交通謀反”被賜死，家屬成年者七十余人被殺。著名儒臣宋濂只因受孫子連累，全家被貶到四川，他也病死于途中。此案延續(xù)了十年之久，前后被株連的幾十家王公貴族，共三萬(wàn)多人。

洪武二十六年（1393年），錦衣衛(wèi)指揮使參奏藍(lán)玉謀反，朱元璋隨即令人將其拿下，并由吏部審訊。三天后，朱元璋將藍(lán)玉處死，爾后是大規(guī)模的清洗和株連。 [121] 藍(lán)玉下獄后，獄詞稱同景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠(yuǎn)侯王弼、東莞伯何榮及吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀反。受此案株連被株連的人，僅列入《逆臣錄》的就有兩萬(wàn)五千人。

“胡藍(lán)之獄”后，明太祖意尚未足，過(guò)了年余，潁國(guó)公傅友德，奏請(qǐng)給懷遠(yuǎn)田千畝，非但不準(zhǔn)，反將他賜死。定遠(yuǎn)侯王弼，又奉詔賜死。宋國(guó)公馮勝亦被賜死。經(jīng)過(guò)幾次黨獄，明初的功臣大量被殺，間接導(dǎo)致了明太祖死后靖難之役中朝廷無(wú)可派之將。

積勞而逝

洪武二十四年（1391年），朱元璋派太子朱標(biāo)巡視關(guān)中，為遷都西安作準(zhǔn)備。朱標(biāo)詳細(xì)考察了西安和洛陽(yáng)，比較兩地的地形，回來(lái)后向朱元璋獻(xiàn)陜西地圖。朱標(biāo)自秦中視察返京后不久患病，在生病期間還向太祖上書關(guān)于籌建都城的事。次年朱標(biāo)病逝，謚號(hào)懿文太子。這對(duì)年近七十的朱元璋是個(gè)沉重的打擊，再也沒有精力和心情考慮遷都的事情。朱元璋看到朱標(biāo)次子朱允炆表現(xiàn)十分孝順而很喜歡，后來(lái)立其為皇太孫。

洪武三十一年閏五月初十（1398年6月24日），朱元璋駕崩于應(yīng)天皇宮（南京故宮），下遺詔：“朕膺天命三十有一年，憂危積心，日勤不怠，務(wù)有益于民。奈起自寒微，無(wú)古人之博知，好善惡惡，不及遠(yuǎn)矣。今得萬(wàn)物自然之理，其奚哀念之有?；侍珜O允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內(nèi)外文武臣僚同心輔政，以安吾民。喪祭儀物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭臨三日，皆釋服，毋妨嫁娶。諸王臨國(guó)中，毋至京師。諸不在令中者，推此令從事?！?[124] 朱元璋死前密命駙馬梅殷（寧國(guó)公主之夫）輔佐新君，遺詔命皇太孫朱允炆繼位。朱元璋駕崩幾天后，朱允炆于洪武三十一年閏五月十六日（6月30日）即位，改明年為建文元年，是為建文帝。

朱元璋死后葬于紫金山孝陵。洪武三十一年（1398年）六月甲辰，上謚曰“欽明啟運(yùn)俊德成功統(tǒng)天大孝高皇帝”，廟號(hào)太祖。永樂元年（1403年）六月十一日丁巳，增謚“圣神文武欽明啟運(yùn)俊德成功統(tǒng)天大孝高皇帝”。嘉靖十七年（1538年）十一月朔，改謚“開天行道肇紀(jì)立極大圣至神仁文義武俊德成功高皇帝”。