雖瑾珍二妃俱責(zé)受罰，但重點在珍妃。于是珍妃被施以"褫衣廷杖"的酷刑（褫衣廷杖，意為脫去衣服直接對肉體施刑），這一刑罰主要針對朝中大臣，在此之前還沒有過對嬪妃施刑的先例。慈禧太后對珍妃下此毒手，是希望借此來警告此時帶領(lǐng)著帝黨大臣和后黨關(guān)于甲午戰(zhàn)爭之戰(zhàn)中戰(zhàn)與和的問題產(chǎn)生巨大分歧展開口水戰(zhàn)的光緒帝。

此事同樣見于唐海沂《我的兩位姑母——珍妃、瑾妃》記載“珍妃、文廷式、志銳的行動引起了主和派的忌恨，加之文廷式、志銳又奏過李鴻章一本，因此李鴻章授意其心腹——御史楊崇伊，反奏“文廷式企圖支持珍妃奪嫡，取代隆?；屎?；反對慈禧聽政，支持光緒皇帝自主朝綱。”這樣，慈禧恨透了文廷式、志銳和珍妃。她本來就想廢掉珍妃，正無碴兒可找，借此機會正可解心頭之恨。就下旨以“交通宮闈，擾亂朝綱”的罪名，將文廷式革職，趕出毓慶宮，永不錄用；志銳從禮部侍郎被貶職，出任烏里雅蘇臺（蒙古境內(nèi)，距烏蘭巴托正西1800里）參贊大臣。珍妃之事也把姐姐瑾妃牽連進去，姐妹雙雙受了廷杖，二妃從貴妃降為貴人?！?/p>

此次珍妃挨打，應(yīng)發(fā)生于光緒二十年十月二十八日，學(xué)界注意到珍妃脈案奇怪記載，，太醫(yī)張仲元脈案記載：“抽搐氣閉，牙關(guān)緊閉”、“人事不醒，周身筋脈顫動”、“惡寒發(fā)燒，周身筋脈疼痛”，這些現(xiàn)象只能以受過廷杖解釋。

另外光緒帝在1894年曾杖責(zé)過慈禧太后寵監(jiān)李蓮英，慈禧太后杖責(zé)珍妃，從某些方面來說，也是為了私憤。

1898年，戊戌變法失敗，光緒帝被幽禁，作為為光緒帝發(fā)展了不少維新人才（如文廷式，志銳）的珍妃受到牽連，再次被施以褫衣廷杖，并幽閉于鐘粹宮后的北三所。

《故宮通覽》中說珍妃被囚禁的這個小院原是明代奶媽養(yǎng)老居留的地方，珍妃入住后，正門被牢牢關(guān)上，打上內(nèi)務(wù)府的十字封條，珍妃住在北房三間最西頭的一間，屋門從外面倒鎖著，吃飯、洗臉等均由下人從一扇活窗中端進遞出。珍妃所食為普通下人的飯，平時不準(zhǔn)與人說話。逢年過節(jié)或每月初一、十五，這些別人高興的日子，看守她的一位老太監(jiān)就代表慈禧對她進行訓(xùn)斥。訓(xùn)斥在午飯時進行，老太監(jiān)指著珍妃的鼻子列數(shù)罪狀，珍妃得跪著聽訓(xùn)。訓(xùn)斥結(jié)束，珍妃還必須向上叩頭謝恩，她每天只許上一次廁所。

沉井與后事

光緒二十六年（1900年）7月20日，八國聯(lián)軍兵臨北京城下。慈禧決定攜帶光緒等一行人出走西安。此時，大家都換了百姓布衣聚在寧壽宮后殿的樂壽堂，慈禧忽感觸前事，出珍妃于牢院。以“珍妃年輕貌美，必遭洋人侮辱，愧對列祖列宗?！钡冉蹇?，強詞帶走珍妃不便，留下又恐其年輕惹出是非，因命太監(jiān)將樂壽堂前的井蓋打開，要珍妃自盡，珍妃不肯死。眾人遂令太監(jiān)將珍妃推入井中，年僅二十五歲。執(zhí)行此命的是慈禧的領(lǐng)班太監(jiān)崔玉貴和宮女王德環(huán)。