航空

南京是中國興辦民用航空最早的城市之一，先后共修建過13個機場[113]。第一座機場是國民政府于1912年建設的小營機場，1927年于明故宮遺址建設明故宮機場，為軍民合用機場[114]。1929年大校場機場建成，作為中國空軍訓練場所，設立了當時全國最大的靶場，是中國歷史上最大的航空基地之一，也是當時設施最好的機場，抗戰(zhàn)前被定為中國最高級別的航空總站[115]。1931年4月在大校場機場創(chuàng)辦的中央航空學校被譽為中國空軍的搖籃[116]。1934年大校場正式辟為****，明故宮為民用機場。1956年7月南京民航遷至大校場機場，大校場改為軍民合用[117]。1997年7月南京祿口國際機場啟用，民航遷至祿口，大校場保留為****。2015年7月南京馬鞍國際機場啟用，大校場機場整體搬遷至此[118]。

南京祿口國際機場

南京祿口國際機場是江蘇省和南京市的門戶機場，是國家主要干線機場、一類航空口岸[119]，華東地區(qū)的主要貨運機場，與上海虹橋機場、浦東機場互為備降機場，位列中國千萬級大型機場行列[120]，是國家大型樞紐機場、中國航空貨物中心和快件集散中心，國家區(qū)域交通樞紐[121]，已建成輻射亞洲、連接歐美、通達澳洲的航線網絡[122]。

此外南京還有南京馬鞍國際機場（軍民合用）、土山機場（****）以及若航南京老山機場（中國首家民營直升機場）[123]。

航運

南京是中國重要的航運中心[124]，長江國際航運物流中心[125]。早在三國時就擁有軍港和商港，東吳時期這里已經“江道萬里，通涉五洲”；元代起是南糧北運起運港口之一；明代鄭和在南京港起錨，成為鄭和下西洋的基地港[126]。2013年《中國內地港口城市空間價值評估》報告中，南京位居中國內地第4，僅次上海、深圳、廣州[127]。

亞洲最大內河港口——南京港

南京港是中國國家綜合運輸體系的重要樞紐、國家重要的主樞紐港和對外開放一類口岸[128]，是華東地區(qū)及長江流域江海換裝、水陸中轉、貨物集散和對外開放的多功能江海型港口[129]，長三角唯一實現集裝箱鐵路與水路無縫對接的港口[126]。長江南京以下12.5米深水航道工程的建成，使南京港成為最深入內陸的國際型深水海港，也是中國連結全球的江海轉運綜合樞紐[130]。

地鐵

【主詞條：南京地鐵】

南京地鐵的前身可追溯到清朝光緒三十三年（1907年）建造的京市鐵路，南京是中國第一個擁有軌道交通的城市[131]。第一條地鐵線路于2005年5月15日正式開通，是中國內地第6個開通地鐵的城市[132]。截至2021年，南京地鐵共有11條線路、191座車站，線路總長427.1千米[340][133]，構成覆蓋南京全市11個市轄區(qū)的地鐵網絡，南京是中國第一個區(qū)縣全部開通地鐵的城市，也是繼上海和廣州后中國第三個開通跨市地鐵線路的城市[134]