自從gemdeus降臨后，許多的人都感染了游戲病。而現(xiàn)在醫(yī)院里已經(jīng)人滿為患了，所有的患者全都是感染了gemdeus的病毒。gemdeus剛降臨就釋放了大量的病毒，而新檀黎斗表示自己不記得設計過這種程序。貴利矢說如果新檀黎斗沒有說謊的話，那十有八九就是檀正宗搞得鬼了。而此時檀正宗看到現(xiàn)在這樣子非常高興，并表示自己事先改寫了gemdeus的思考程序是正確的。這樣子就可以增加感染者和獲取人類的生命數(shù)據(jù)，并且來證明他才是世界的規(guī)則了。而此時gemdeus還在不斷的釋放病毒，隨后表示要將所有活著的生物全部消滅。

而這時永易和永夢還有帕拉德趕到了這里，三人對gemdeus發(fā)起了攻擊。而新檀黎斗幾人只能選擇相信他們了，而新檀黎斗也不知道無敵卡帶能否攻略gemdeus。貴利矢則表示要不是他搞了個這么麻煩的東西出來，也許就不會有這么多事了。而新檀黎斗表示自己可不會做出，輕輕松松就被攻略的最終BOSS。這個時候poppy拿出了故障驅(qū)動器2威脅他不要這么得意忘形，并表示全部的事都是他引起的。而這時貴利矢奪走了poppy的驅(qū)動器，新檀黎斗以為貴利矢救了自己。結(jié)果沒想到對方反手就將驅(qū)動器對準了他，隨后貴利矢讓poppy把新檀黎斗交給他。

另一邊gemdeus擁有所有bugster的力量，永易幾人雖然擁有無敵的力量。但依舊不是gemdeus的對手，隨后gemdeus使用了aranbura的魔法攻擊三人。另一邊新檀黎斗詢問貴利矢想要做什么，而貴利矢表示不論是新檀黎斗還是他。都是作為bugster獲得了本不該復活的生命，而他一直在思考著。這條性命到底有什么意義，而現(xiàn)在他終于找到了答案。并表示這是為了不讓悲劇重演，只有他才能做到的事情。接著貴利矢啟動卡帶變身，隨后貴利矢切換了場景。然后將gemdeus病毒植入了新檀黎斗體內(nèi)，并表示如果不服氣的話。

那就在生命用盡之前活下去，見狀新檀黎斗也啟動卡帶變身。接著兩人扭打在了一起，隨后貴利矢再次向新檀黎斗植入gemdeus的病毒。而新檀黎斗直接抱住了貴利矢，并讓其也感染了gemdeus的病毒。接著貴利矢第三次向新檀黎斗植入病毒，新檀黎斗正感嘆LV0的力量也無法抑制gemdeus的病毒的時候。貴利矢一記重腿踢了過來，隨后新檀黎斗便死了。在死了還剩五十條命后，新檀黎斗詢問貴利矢到底要做什么。而貴利矢表示自己在給他最開始也是最后的機會，隨后將一個白色的雙重卡帶插入了新檀黎斗的驅(qū)動器。

看到貴利矢這一舉動新檀黎斗瞬間明白了，而貴利矢說在看到graphite對gemdeus病毒的適應性后。他堅信bugster的身體可以承受的住gemdeus的病毒，而他們的身體就是制造gemdeus病毒抗體的實驗體。新檀黎斗也明白貴利矢說的是什么了，那就是最后活下來的人就可以對抗gemdeus了。隨后貴利矢不斷的釋放著gemdeus的病毒，并且與新檀黎斗扭打在一起。隨后貴利矢表示患者還在痛苦，自己可不能當縮頭烏龜。而此時衛(wèi)生部的人來到了CR要求他們交出新檀黎斗，而poppy表示他們現(xiàn)在做的事情關(guān)乎到能否抑制流行病拒絕交出新檀黎斗。

而此時新檀黎斗還剩下五條命，貴利矢再次釋放gemdeus。而新檀黎斗終于對gemdeus適應了，接著貴利矢使用終結(jié)技再次消滅了新檀黎斗。而新檀黎斗復活后gemdeus病毒已經(jīng)對他沒用了。隨后新檀黎斗吸收了貴利矢體內(nèi)的gemdeus病毒。隨后兩人連忙趕回CR然后制作出了對抗gemdeus的卡帶，接著貴利矢將新檀黎斗收進了故障驅(qū)動器2內(nèi)。隨后便將其交給了衛(wèi)生部的人，并表示該怎么處理隨便他們。隨后衛(wèi)生部的人便帶新檀黎斗走了，此時貴利矢趕到了永夢那里。并將新的卡帶交給了他，隨后永夢啟動卡帶然后插入武器必殺槽。

接著使用終結(jié)技砍在了gemdeus的身上，隨后所有的游戲病患者都在恢復。而gemdeus則不斷的在下降，對于這個檀正宗非常的生氣。隨后永易幾人在攻向gemdeus，受到抗體的影響gemdeus已經(jīng)不是幾人的對手了。而這時檀正宗突然出現(xiàn)在這里表示不會讓幾人攻略假面騎士編年史的，并表示他要讓幻夢公司君臨這個世界。隨后使出終結(jié)技一腳踢爆了gemdeus，但是游戲通關(guān)的特效剛出來。檀正宗就將gemdeus吸收進了自己的驅(qū)動器，然后將其植入了自己的體內(nèi)。接著檀正宗表示他作為人類的生命已經(jīng)結(jié)束了，并表示同時獲得了克羅諾斯和gemdeus力量的他。

作為假面騎士編年史的運營方才是真正的BOSS，事情結(jié)束后日向?qū)徸h官讓貴利矢加入了CR。貢獻自己的力量，貴利矢接過了poppy手上的衣服披到了身上。隨后日向?qū)徸h官表示因為新檀黎斗對此次疫苗開發(fā)有著巨大的貢獻，所以特別批準他留在CR。但是沒有衛(wèi)生部的批準不允許給予他人身自由，而新檀黎斗覺得這不是明智的選擇。并表示如果沒有他怎么可能阻止的了檀正宗，而永夢表示他們會阻止的。而新檀黎斗突然表示自己已經(jīng)舍棄新檀黎斗這個名字了，現(xiàn)在的他是檀黎斗神。說完還降下了橫幅，而電話那頭的日向?qū)徸h官無語的掛了電話。永夢則表示要讓檀黎斗神改過自新看來是不可能的事情了，貴利矢則表示就把他當神供在那也挺好的。