帖木兒走了以后，莫扎法爾王朝的曼蘇爾罷免了對手，重新統一了祖先傳下來的領地，并且反對帖木兒，曼蘇爾甚至奪取了伊斯法罕在內的法爾斯地區(qū)，雖然曼蘇爾是一個無能的人，但是他居然敢挑戰(zhàn)帖木兒

1393年，帖木兒集結大軍進攻法爾斯，他進軍途中攻占了卡拉伊舍費德堡，當時人們一直認為這里牢不可破，曼蘇爾出城迎戰(zhàn)，并且在郊外與河中軍隊展開了一場殊死決斗，但是最后在戰(zhàn)亂中被殺，據說他的頭是被帖木兒之子沙哈魯砍下來的，扔在了自己父親的腳下

帖木兒勝利的進入了法爾斯，下令將全程的所有財寶交給他，并且賠償戰(zhàn)爭中耗費的大量費用，其余地區(qū)的國王也趕緊過來見他，表示臣服，他把這些地區(qū)所有的工匠和文人都送到撒馬爾罕，他企圖把自己的都城打造成東方之都，世界之城

1393年，帖木兒揮別法爾斯，踏上了通往哈馬丹的道路。不久之后，他將目光投向了另一場征戰(zhàn)——從蘇丹阿合木手中奪取巴格達與伊拉克。大軍壓境，直逼巴格達城下，蘇丹卻未作久守，倉皇逃竄。在卡爾巴拉附近，蘇丹一度被擒，卻奇跡般掙脫羅網，輾轉逃往埃及。那里的馬穆魯克王朝蘇丹貝爾古格接納了這位落魄的逃亡者。帖木兒幾乎未遇任何像樣的抵抗，便長驅直入巴格達。隨后的三個月，他在這座古老的城市中安然駐蹕，享受著勝利的寧靜與輝煌。

然后，帖木兒返回北方，在途中，他繼續(xù)征服了庫爾德斯坦和迪亞巴克爾在內的城堡，在這次戰(zhàn)役中，他失去了二兒子沙黑，1394年，沙黑在庫爾迪西堡前被箭射死，經過艱苦的圍攻，它占領了馬爾丁和阿米德，然后，他又進入了亞美尼亞地區(qū)，再次趕走了黑羊王朝首領哈拉，緊接著，1394年，他前往谷兒只繼續(xù)進行戰(zhàn)爭

1395年，帖木兒又發(fā)動了一次對俄羅斯的戰(zhàn)爭（后面會說到），對于帖木兒在波斯地區(qū)的統治，阿合木以及哈拉都做了最后的抵抗，1393年到1394年，帖木兒把阿哈木趕出了巴格達，1394年，阿哈木在埃及的支持下，又重新占領了巴格達，此時，帖木兒正在忙于別處的戰(zhàn)爭，無暇兼顧，于是，黑羊王朝首領哈拉也支持阿哈姆留在巴格達，到了1401年，帖木兒返回了伊拉克，于是阿合木又逃到了埃及，之后，帖木兒攻陷巴格達

他對這座城市進行了大規(guī)模屠殺，除了清真寺，所有的建筑物都被摧毀，但是軍中流行起瘟疫，于是他撤退了，波斯地區(qū)最后一次抵抗是帖木兒正在和奧斯曼帝國打仗的時候，阿合木再次攻陷巴格達，成為蘇丹，但是他立馬和自己的盟友哈拉產生矛盾，但是，帖木兒沒多久就趕了回來，把他們全部趕走了，兩人都逃到了埃及