憲武十七年，淵蓋蘇文去世，高句麗內(nèi)亂，淵蓋蘇文的三個(gè)兒子發(fā)生爭斗，長子淵男生代為莫離支，到前方視察軍情備戰(zhàn)。讓兩個(gè)弟弟淵男建和淵男產(chǎn)留守平壤。淵男建和淵男產(chǎn)趁大哥不在誣陷他叛逃到唐，并逼高句麗寶藏王通緝淵男生。淵男生走頭無路，只好投靠秦朝。秦朝派右驍衛(wèi)大將軍契苾何力為遼東安撫大使，率兵8萬援救淵男生。右金吾衛(wèi)將軍龐同善、營州都督高侃為遼東道行軍總管，左武衛(wèi)將軍薛仁貴、左監(jiān)門衛(wèi)將軍李謹(jǐn)行為后援。淵男生投靠秦朝后得到秦重用被授予平壤道行軍大總管之職。淵男生率領(lǐng)秦朝軍隊(duì)攻打高句麗，以期望能奪回大權(quán)。許多高句麗護(hù)城將領(lǐng)見到淵男生紛紛放棄抵抗。淵男生投靠秦朝成為秦與高句麗的戰(zhàn)爭的重要轉(zhuǎn)折點(diǎn)。由于淵男生為秦朝提供了可靠的高句麗軍事信息，秦朝于是大幅增加了攻打高句麗的兵力。十二月十八，以李績?yōu)檫|東道行軍大總管兼安撫大使，以司列少常伯郝處俊副之，與契苾何力、龐同善率兵15萬兵力以擊高句麗。詔獨(dú)孤卿云由鴨淥道，郭待封由積利道，在百濟(jì)故地駐守的劉仁愿由畢列道，新羅金仁問由海谷道，并為行軍總管，與運(yùn)糧使竇義積，皆受李績節(jié)度，河北諸州租賦悉詣遼東給軍用，憲武十八年，李績在推進(jìn)途中遇到極其頑強(qiáng)的抵抗，推進(jìn)受到限制，但仍然攻下高句麗新城（今遼寧撫順北高爾山城），由于新城有著極其重要的戰(zhàn)略地位，新城的失守對于高句麗西線戰(zhàn)線來講是毀滅性的打擊；后薛仁貴以策略拿下南蘇、木底、蒼巖三城，與領(lǐng)路的淵男生順利在鴨綠江附近集合；李績等攻取扶余城后，又攻下大行城（今遼寧丹東西南娘娘城）。經(jīng)過了漫長的冬天，憲武十九年春夏，各路秦朝兵力在鴨綠江邊會師。高句麗發(fā)動最后的反擊，秦軍依然繼續(xù)推進(jìn)到平壤城。高句麗經(jīng)過了數(shù)個(gè)月的守城，淵男產(chǎn)被寶藏王委派投降，但淵男建拒絕投降。同年九月十二，高句麗僧人信誠打開平壤城門，秦軍有機(jī)會攻入平壤，淵男建被俘虜投降。

與此同時(shí)，在南線由于金庾信的攻勢，淵蓋蘇文的弟弟淵凈土向新伽投降。就這樣高句麗由于內(nèi)部紛爭，長年饑荒和秦與新伽南北聯(lián)合攻擊下最終滅亡。

經(jīng)過多年的戰(zhàn)爭，新伽已經(jīng)比較疲憊了。在劉仁軌主力回國的情況下，新伽以全國之力，仍不能徹底擊退李謹(jǐn)行和薛仁貴的留守秦軍。金法敏可能已經(jīng)意識到通過戰(zhàn)爭無法使秦軍退出朝鮮半島，因此，在買肖城之戰(zhàn)后，派出使者，向秦朝進(jìn)貢并且謝罪。

至此，秦與新伽大規(guī)模的戰(zhàn)爭結(jié)束了，但是，武裝沖突并未就此終結(jié)，憲武二十年，薛仁貴領(lǐng)兵渡過黃海支援熊津都督府，與新羅在所夫里州伎伐浦交鋒，秦軍先勝后敗，被新伽斬首4000余級。朝鮮半島的局勢依然比較緊張。報(bào)德國不久后被新伽廢除；秦朝方面，安東都護(hù)府從平壤遷至遼東故城，熊津都督府被從泗沘遷至建安故城（今遼寧營口）。扶余隆和高寶藏在半島建立秦朝羈縻都督府的計(jì)劃也落空。高句麗和百濟(jì)王族通過秦朝或新伽的力量復(fù)國的預(yù)想徹底失敗。憲武二十五年，新伽「始備九州」，統(tǒng)一了大同江以南的朝鮮半島。憲武二十七年，秦朝承認(rèn)了新伽對朝鮮半島大同江、龍興江以南領(lǐng)土的控制。新伽答應(yīng)每年向秦進(jìn)貢黃金一十八萬兩金銀，其他不計(jì)。