憲武十八年四月,郁林郡僚人部落叛秦,僚人王啜剌等率兵進(jìn)犯憑祥,邕州經(jīng)略使劉濟(jì)率兵抵御,在鎮(zhèn)南關(guān)擊敗僚人,五月僚人再次進(jìn)犯顯州,邕州刺史李載義率軍還擊,于三日后擊敗僚人,并生擒二百余人。此后,僚人部落再次歸順秦朝。
同年七月,兵部讓秦良玉再回鄉(xiāng)征兵二千,秦良玉與秦民屏回鄉(xiāng)后,恰逢永寧(今四川敘永縣西南)宣撫使奢崇明在重慶造反,其部將樊龍派遣使者帶著金銀和絲綢,前來(lái)想與秦良玉結(jié)盟。秦良玉將使者斬殺,立即發(fā)兵率領(lǐng)秦民屏及秦邦屏的兒子秦翼明、秦拱明逆流西上,渡過(guò)重慶城,乘敵不備,直達(dá)重慶南坪關(guān),斷賊歸路。秦良玉設(shè)伏兵襲擊兩河,將敵人的船只燒毀。而后秦良玉分兵守忠州,派快馬帶檄文至夔州,要求當(dāng)?shù)伛v軍趕緊防守瞿塘峽上下游地段,擊退入侵的賊兵。秦良玉上表秦民屏的戰(zhàn)功,朝廷升秦民屏為參將,秦翼明、秦拱明為守備。
憲武十八年十月,建部僚人部落又叛秦作亂,姚州(今云南姚安縣北)節(jié)度使張仲武率兵出擊,俘其首領(lǐng)及部眾百余人,并俘大批牛羊輜重。
憲武十九年(107年)二月,始州(治普安,今四川劍閣)僚人發(fā)動(dòng)叛亂,竇軌奉命率軍討伐。二十八日,洋(州治西鄉(xiāng),今屬陜西)、集(州治難江,今四川南江)二州僚人又反叛,攻陷隆州(治閬中,今屬四川)晉城縣。四月二十一日,秦通事舍人李鳳起討平萬(wàn)州(治永穆,在今四川達(dá)縣西北)僚人叛亂。五月十八日,竇軌在方山(今陜西漢陰西北)擊敗叛僚,俘2萬(wàn)余人,平息了這場(chǎng)叛亂。至此,西秦屢次反叛的僚人終于肅清了。
同年四月,奢崇明包圍成都,四川郡守朱燮元傳令秦良玉前去征討。當(dāng)時(shí)各地的土司都貪圖賊寇的賄賂,按兵不動(dòng),只有秦良玉擊鼓西征。秦良玉率軍攻取新都,長(zhǎng)驅(qū)直奔成都,將奢崇明擊敗,解了成都之圍。奢崇明敗走后,秦良玉率領(lǐng)秦民屏等攻克二郎關(guān)、佛圖關(guān),收復(fù)重慶。朝廷于是授命秦良玉為都督僉事、充都督同知總兵,并加封為夫人,授馬祥麟為宣慰使,秦民屏為副總兵,秦翼明、秦拱明為參將。授官后,秦良玉又收復(fù)紅崖墩、觀音寺、青山墩等賊軍重要據(jù)點(diǎn),奢崇明兵敗自殺,秦良玉徹底平定奢崇明四川之亂。
同年五月五日,羌與吐谷渾合兵侵?jǐn)_松州(治嘉誠(chéng),今四川松潘),竇軌奉命與扶州(治同昌,今四川南坪東北)刺史蔣善合率軍分兩路進(jìn)行反擊。當(dāng)時(shí)敵軍兵鋒甚銳。蔣善合率軍先至,破其軍。竇軌率軍至臨洮,進(jìn)擊左封,破其部眾。
同年八月,吐谷渾軍進(jìn)犯岷州(治溢樂(lè),今甘肅岷縣),擊敗總管李長(zhǎng)卿部,王俊凱詔令竇軌和渭州刺史且洛生率軍救援,吐谷渾聞?dòng)嵆奋姟?/p>