康熙五十六年十月，康熙啟程返回京城，并致祭天壇，因康熙染病體虛無力，難以行禮，便遣大臣恭代。

十一月，康熙帝因腿膝疼痛，又稍受風(fēng)寒以致咳嗽聲啞，決定赴湯泉調(diào)理數(shù)日，同時(shí)寧壽宮傳出消息，皇太后病重，

這位皇太后是順治帝的第二位皇后。科爾沁貝勒綽爾濟(jì)之女，孝莊文皇后的侄孫女，清世祖廢后的堂侄女，努爾哈赤之子饒余郡王阿巴泰的外孫女。順治十年（1653年）八月，順治降元后為靜妃，次年五月，她被聘為妃，六月立為皇后。十五年（1658年）正月，順治以侍奉太后疾不勤，詔停其宮中箋表。

也就是說，皇后則因未精勤侍奉皇太后，順治帝認(rèn)為皇后有違孝道，下諸王大臣議論廢后事宜。

皇后因此病倒?；寿F妃董鄂氏“五晝夜目不交睫”的照顧，直到皇后痊愈。

最后也因?yàn)槎蹂膹?qiáng)烈反對(duì)，順治想要再廢一次皇后的事，最終不了了之。

玄燁繼位后，尊這位嫡母為仁憲皇太后，居慈仁宮。

康熙生母早死，康熙幼年時(shí)期，多受這位嫡母精心照料，母子感情甚篤。

康熙五十二年，皇太后的親妹淑惠太妃（淑惠妃）七十余歲亡故；這時(shí)候仁憲太后已年紀(jì)老邁發(fā)蒼齒搖，心中不樂，對(duì)康熙語曰：“牙齒動(dòng)搖，其已脫落者，則痛止，其未脫落者，痛難忍”

康熙寬慰她說

康熙太后圣壽已逾七旬，孫及曾孫殆及百余，且太后之孫，皆已須發(fā)將白而牙齒將落矣，何況祖母享如此高年。我朝先輩，常言老人牙齒脫落，于子孫有益，此正太后慈闈福澤綿長之嘉兆也。

太后聞言歡喜倍常，笑曰：“皇帝此語，凡我老嫗輩，皆當(dāng)聞之而生歡喜也！”

由此可見康熙和這位皇太后雖然不是親母子，但是感情卻是非常深厚的。

也就是在這期間，，康熙于乾清宮東暖閣召諸皇子滿漢文武大臣，諭曰

康熙今春始患頭暈，漸覺消瘦。近因皇太后違和。心神憂倅，頭暈頻發(fā)，有朕平日所欲言者，今特召爾等面諭。

康熙在這篇上諭里對(duì)平生做了自我總結(jié)；

帝王之治，必以敬天法祖為本。合天下之心以為心，公四海之利以為利，制治於未亂，保邦於未危，夙夜兢兢，所以圖久遠(yuǎn)也。朕八齡踐祚，在位五十馀年，今年近七旬矣。當(dāng)二十年時(shí)，不敢逆計(jì)至三十。三十年時(shí)，不敢逆計(jì)至四十。賴宗社之靈，今已五十七年矣，非涼德所能致也。齒登耆壽，子孫眾多。天下和樂，四海乂安。雖未敢謂家給人足，俗易風(fēng)移，而欲使民安物阜之心，始終如一。〈歹占〉竭思慮，耗敝精力，殆非勞苦二字所能盡也。古帝王享年不永，書生每致譏評(píng)。不知天下事煩，不勝其勞慮也。人臣可仕則仕，可止則止，年老致仕而歸，猶得抱子弄孫，優(yōu)游自適。帝王仔肩無可旁委，舜歿蒼梧，禹殂會(huì)稽，不遑寧處，終鮮止息。洪范五福，終於考終命，以壽考之難得也。易遯六爻，不及君主，人君無退藏之地也。豈當(dāng)與臣民較安逸哉！朕自幼讀書，尋求治理。年力勝時(shí)，挽強(qiáng)決拾。削平三藩，綏輯漠北，悉由一心運(yùn)籌，未嘗妄殺一人。府庫帑金，非出師賑饑，未敢妄費(fèi)。巡狩行宮，不施采繢。少時(shí)即知聲色之當(dāng)戒，佞倖之宜遠(yuǎn)，幸得粗致謐安。今春頗苦頭暈，形漸羸瘦。行圍塞外，水土較佳，體氣稍健，每日騎射，亦不疲乏。復(fù)以皇太后違和，頭暈復(fù)作，步履艱難。倘一時(shí)不諱，不得悉朕衷曲。死者人之常理，要當(dāng)於明爽之時(shí)，舉平生心事一為吐露，方為快耳。昔人每云帝王當(dāng)舉大綱，不必兼綜細(xì)務(wù)。朕不謂然，一事不謹(jǐn)，即貽四海之憂；一念不謹(jǐn)，即貽百年之患。朕從來蒞事無論鉅細(xì)，莫不慎之又慎。惟年既衰暮，祗懼五十七年憂勤惕勵(lì)之心，隳於末路耳。立儲(chǔ)大事，豈不在念。但天下大權(quán)，當(dāng)統(tǒng)於一，神器至重，為天下得人至難，是以朕垂老而惓惓不息也。大小臣工能體朕心，則朕考終之事畢矣。茲特召諸子諸卿士詳切言之。

在這篇上諭的最后康熙明言

康熙此諭已備十年，若有遺詔，無非此言。

此時(shí)的康熙已經(jīng)是六十五歲的老人了。因?yàn)榛侍蟮牟。滴醯廴站唾?，足痛加劇，艱于步履。不久，康熙帝足背浮腫，周身沉重，中心煩躁，不能成寐，稍寢即醒，醒時(shí)頭暈，至五鼓始寢半刻。

十二月初四，皇太后病勢漸增，康熙此時(shí)也已經(jīng)病了七十多天了，雙腳浮腫得幾乎走不動(dòng)。他就用手帕纏裹雙腳，乘軟輿來到寧壽宮，跪在嫡母榻前，雙手捧著嫡母的手說道

康熙皇額娘，兒臣在這兒呢。

此時(shí)，皇太后身體極弱，已經(jīng)不能說話了，她只是一手握著皇兒康熙帝的手，久久望著他，嫡母眼神里充滿了生命最后一刻，對(duì)于康熙帝無限的眷戀與感激之情。

康熙五十六年十二月初六日，皇太后病逝，走完了七十七年的人生之路。從十二月初四日太后去世的前兩天，直至康熙五十七年正月初三的一個(gè)月里，康熙帝都住在蒼震門內(nèi)，未回寢宮。十二月十五日，他親自赴寧壽宮奠酒致祭。往事歷歷，物在人去，康熙帝悲不自勝，還未開始讀祭文，已痛哭失聲，祭文讀畢，仍抽泣不止。

太后去世之后，康熙號(hào)慟欲絕，堅(jiān)行割辮之禮（割辮原僅用于帝喪）以盡哀思，不亞于當(dāng)然孝莊太皇太后死的時(shí)候。

仁憲皇太后崩逝后，大臣們開始擬定謚號(hào)的時(shí)候，后面沒有加上順治的謚號(hào)，遭到了康熙帝的強(qiáng)烈指責(zé)，大臣們第二次上謚，又未帶有生前的徽號(hào)，再次上謚，最終經(jīng)雍正帝和乾隆帝加謚，全謚為：孝惠仁憲端懿慈淑恭安純德順天翼圣章皇后。

這時(shí)候有大臣迎合康熙的意思，上奏說康熙生母孝康皇后升祔以久不宜遷動(dòng)，而欲以孝惠皇后、孝康后神主一并尊祔于太廟。

結(jié)果大學(xué)士王掞曰：“陛下圣孝格天，曩時(shí)太皇太后祔廟，不以躋孝端上，今肯以孝康躋孝惠上乎？”

這句話的意思是陛下是個(gè)大孝子，當(dāng)年太皇太后祔廟的時(shí)候，都沒有把排位，排在嫡皇后孝端之上，現(xiàn)在又豈能讓生母的排位，在嫡母之上？

后來那位大臣果然遭到康熙訓(xùn)斥，康熙下旨令改正，以嫡母神主加于生母之上。

孝惠皇后葬于世祖順治孝陵之東，曰孝東陵，世祖、孝康皇后、孝獻(xiàn)皇后同葬于孝陵，

然而康熙帝僅上順治的謚號(hào)“章”字于生母、嫡母，并稱章皇后，同祔太廟，皇后，

與之相對(duì)應(yīng)的是，孝獻(xiàn)皇后則僅能于孝陵祭祀，在康熙年間不知是否因顧慮昭圣太皇太后（孝莊文皇后）、仁憲皇太后（孝惠章皇后）的緣故，康熙于孝獻(xiàn)皇后（董鄂妃）生辰祭日均未派遣使節(jié)祭陵。