至元六年（1340）二月，伯顏約妥歡貼睦爾去柳林打獵，妥歡貼睦爾托疾不去。伯顏遂邀太子燕貼古思同往。脫脫密告妥歡貼睦爾曰："伯父久有異志，茲行率諸衛(wèi)軍馬以行，往必不利于社稷。"脫脫遂與世杰班、阿魯合謀以所掌士兵及宿衛(wèi)士控制京師，先收京城門鑰，由親信列布城門下。當(dāng)夜，妥歡貼睦爾在玉德殿詔近臣汪家奴、沙剌班及省院大臣先后入見；中夜二鼓命太子怯薛月可察兒率30騎抵柳林太子營(yíng)，連夜將燕貼古思接回京師；即起草詔書，命中書平章政事只兒瓦歹奉詔前往柳林。詔書稱："伯顏不能安分，專權(quán)自恣，欺朕年幼。.變亂祖宗成憲，虐害天下。。.今命伯顏出為河南行省右丞相。"（《庚申外史》）

　　天明，大都城門緊閉，脫脫倨坐城門上等候。伯顏遣人來(lái)城下問故，脫脫傳圣旨曰："諸道隨從伯顏者并無(wú)罪，可即時(shí)解散，各還本衛(wèi)，所罪者惟伯顏一人而已。"伯顏要求入京向皇帝辭行，不許。所領(lǐng)諸軍見伯顏失勢(shì)，紛紛散去。伯顏無(wú)可奈何，南下而去。三月，命徙伯顏于南恩州陽(yáng)春縣（今屬?gòu)V東）安置，其在途中病死于龍興路（治今江西南昌）驛舍。脫脫與伯顏的斗爭(zhēng)雖然是元朝統(tǒng)治集團(tuán)內(nèi)部的爭(zhēng)奪權(quán)利的斗爭(zhēng)，但其中包含著深刻的社會(huì)背景。自忽必烈推行"漢法"以來(lái)，蒙古貴族內(nèi)部圍繞著繼續(xù)推行"漢法"還是抵制"漢法"的斗爭(zhēng)一直很尖銳。伯顏擅權(quán)以來(lái)，排斥漢人，廢除科舉，采取一系列民族壓迫政策，是元代后期一場(chǎng)罕見的抵制"漢法"運(yùn)動(dòng)。脫脫雖為伯顏之侄，從維護(hù)元朝統(tǒng)治的根本利益出發(fā)，他不滿伯顏的"變亂祖宗成憲"，因而發(fā)動(dòng)了一場(chǎng)在皇帝支持下的政變，驅(qū)逐了伯顏。這一行動(dòng)是受到朝野官民普遍歡迎的，有些士人稱此舉為"拔去大憝，如剔朽蠹"；百姓則痛恨伯顏專權(quán)貪贓，當(dāng)他卒于龍興路驛舍后，有人題詩(shī)于壁云："百千萬(wàn)錠猶嫌少，垛積金銀北斗邊，可惜太師無(wú)運(yùn)智，不將些子到黃泉。"伯顏被逐后，妥歡貼睦爾命脫脫之父馬札兒臺(tái)為太師、中書右丞相，脫脫為知樞密院事，脫脫弟也先帖木兒為御史大夫。馬札兒臺(tái)上臺(tái)后，于通州置榻坊，開酒館、糟坊，日至萬(wàn)石，又販運(yùn)長(zhǎng)蘆、淮南鹽、熱衷于經(jīng)商斂財(cái)。脫脫讓參政佛嘉問向皇帝上奏章彈劾，迫使馬札兒臺(tái)辭職，"養(yǎng)疾私第"，仍為太師。是年十一月脫脫出任中書右丞相。脫脫上臺(tái)后，即大刀闊斧地廢除伯顏"舊政"，推行一系列新政，史稱"更化"。當(dāng)時(shí)，妥歡貼睦爾圖治之意甚切，對(duì)脫脫十分信任，把國(guó)家大事交給脫脫處理。吳直方在幫助脫脫決策上起著重要的作用，"國(guó)有大事、上命，必定于公，公亦慨然以澤被斯民為己任，有知無(wú)不言，言之丞相無(wú)不行，天下翕然，比后至元之治于前至元，公之功居多"。既然直方"言之丞相無(wú)不行"，那么，脫脫更化與"儒術(shù)治天下"就產(chǎn)生了必然的聯(lián)系。