清朝建立后，隨著社會安定、戰(zhàn)亂平息，統(tǒng)治者開始在全國推行墾荒政策。此時的中原地區(qū)和江南等地，可供大規(guī)模開發(fā)的耕地已經(jīng)不多，人們把目光瞄向了西南的滇黔地區(qū)。

為了鼓勵移民云貴一帶，朝廷提出減稅和貸款種子、耕牛的政策。移民與墾荒相輔相成，極大地推動了清初的經(jīng)濟恢復(fù)與發(fā)展。

然而，土司制度卻成為在西南云貴地區(qū)，進行遺民墾荒的最大的絆腳石。

鄂爾泰就曾上疏直言

鄂爾泰沒有人敢進入土司所在之地，他們互相勾結(jié)，對抗朝廷，甚至里通外國，挾洋自重。

這種情況下，就連身為上司的省官們，都是互相推諉。

針對土司制度的弊端，鄂爾泰提出，

鄂爾泰云貴大患，無如苗蠻，欲安民必先制夷，欲制夷必改土歸流。

其實，早在雍正之前的明清時期，就曾有過小規(guī)模的改土歸流。明朝永樂年間，在平定了貴州叛亂的思州、思南兩個宣慰司后，朝廷在此成立貴州布政使司，派遣可以隨時撤換的流官來代替當?shù)氐耐了尽．斎?，這次僅限于叛亂的兩地，西南其他地方仍是土司制度。

同樣的情況也發(fā)生在萬歷三大征之播州戰(zhàn)役，以及康熙年間的湘西儒化等。

大規(guī)模的改土歸流，到了雍正時期已經(jīng)有了成熟的條件。在云貴總督鄂爾泰的主持下，雍正開始對滇、黔之地的土司實行變革。改固定的土司為朝廷任命的流官，直接管理少數(shù)民族地區(qū)的政務(wù)。

后來改土歸流的規(guī)模和范圍，進一步擴大。包括滇、黔、桂、川、湘、鄂6省，所涉及的民族有苗族、彝族、布依族、侗族、瑤族、水族等。云南、貴州改土歸流的目標，到雍正九年基本實現(xiàn)。

雍正帝的改土歸流促進了當?shù)厣a(chǎn)力的解放，使大量漢人移民西南地區(qū)，例如：云南省明末清初時，大部分人口都集中在滇池、洱海一線的腹里地帶及其附近少數(shù)壩區(qū)，而在周圍面積廣大的邊遠地區(qū)只有“向未編丁”的數(shù)量甚少的“夷戶”而已。

清代康熙、雍正以來，內(nèi)地人口的自然增長愈益超出當?shù)厣a(chǎn)力的容納和需要狀況，而廣西、云南除腹里以外的廣大邊遠地區(qū)，卻因為人口稀少而處于開發(fā)水平極其低下狀態(tài)，甚至多有保持原始洪荒狀態(tài)之處。

隨著改土歸流的大規(guī)模推行。再加上官方組織下的遺民墾荒相輔相成，大批內(nèi)地移民的涌入，乾、嘉、道三朝期間，廣西、云南的人口數(shù)量空前增加，其中，主要是腹里地區(qū)以外的邊遠山區(qū)的人口增長十分顯著。

廣西、云南的人口數(shù)量，據(jù)清朝官方的統(tǒng)計數(shù)字，在康熙五十二年分別為：桂省206104丁，約合人口總數(shù)100余萬；滇省185865丁，約合人口總數(shù)90余萬。

康熙末年的西南地區(qū)人口數(shù)量已經(jīng)達到前所未有的水平，但雍正年間改土歸流以后，經(jīng)過乾隆、嘉慶近百年間不斷有大批移民涌入，在嘉慶二十五年，廣西、云南的人口總數(shù)又有顯著增加，是年廣西人口742萬余、云南人口449萬余。

從康熙末年到嘉慶末年的百年間，廣西人口總數(shù)由100余萬增加到700余萬，云南由90余萬人口增至400余萬，即分別增長為原來的7倍和5倍。

由于勞動力的增多，昔日的荒山野嶺得到開墾，諸多礦藏相繼被采掘利用，一簇簇新興居民點也如雨后春筍般出現(xiàn)和散布在叢山密箐中，從而呈現(xiàn)出一幅幅開發(fā)邊疆的壯麗圖景。

以后的清朝歷代皇帝，繼續(xù)沿著雍正走出來的道路，將“改土歸流”的改革進行到底。

川邊藏區(qū)改土歸流到晚清基本實現(xiàn)，青海改土歸流從光緒二十二年到民國十九年基本實現(xiàn)。

清代詩人袁枚這樣評價改土歸流：“改土歸流一事，非君臣俱有大本領(lǐng)，而又深相知合者，不能辦到?！?/p>

晚晴晚清詩人震鈞則說：蓋“改土歸流”至今尚有流弊，西域無流弊也。

民國歷史學家呂思勉則評價說：“清朝用兵域外，雖不得利，然其在湘西、云、貴、四川各省，則頗能竟前代所未竟之功。”