在建文削藩的過程中，朱棣也為起兵造反做了充分的準(zhǔn)備，建文元年（1399年）六月己酉，燕山左護(hù)衛(wèi)千戶倪諒將朱棣密謀兵變的消息上報，朝廷下詔逮捕燕王府官僚，旗校于諒等人因此被誅殺，而北平都指揮張信則背叛朝廷，投降了朱棣 [71] 。

靖難之役

建文元年秋七月（1399年8月），燕王朱棣誓師抗命，下諭將士，打著“清君側(cè)”旗號起兵“靖難”。史稱“靖難之役”。建文朝廷和燕王之間開始了一場持續(xù)三年的軍事對峙。靖難之初，燕王尚不占兵力上的優(yōu)勢。他的軍隊只有十萬人；除了他的封地北京之外他也沒有能夠控制任何其他領(lǐng)土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王軍隊的常備軍，擁有全國的經(jīng)濟(jì)，并且已經(jīng)廢除了幾個藩國，朝鮮國王李芳遠(yuǎn)都公開表示支持朱允炆打燕王。但燕王的領(lǐng)導(dǎo)能力、高素質(zhì)的軍隊卻非朱允炆可比。隨著戰(zhàn)爭時間的延長，朝廷指揮不當(dāng)、兵力孱弱、內(nèi)部松懈的缺點嚴(yán)重影響了戰(zhàn)局。直至節(jié)節(jié)敗退，許多將領(lǐng)投降了燕王。 [3]

建文四年（1402年）五月二十日，朱棣率師抵達(dá)長江北岸的南京龍江驛，朱允炆無力抵抗，只得下罪己詔，并派慶成郡主（慶陽公主）與朱棣談判，以割地為條件要求停戰(zhàn)議和，但沒有成功。 [4]

同時，朱允炆頒布勤王詔書，下令天下勤王：“朕奉皇祖寶命，嗣奉上下神祇，燕人不道，擅動干戈，虐害萬姓，屢興大兵致討。近者諸將失律，寇兵侵淮，意在渡江犯闕，已敕大將軍率師控遏，務(wù)在掃除，爾四方都司、布政司、按察使及諸府衛(wèi)文武之臣，聞國有急，各思奮其忠勇，率慕義之士、壯勇之人，赴闕勤王，以平寇難，以成大功，以扶持宗社。嗚呼！朕不德而致寇，固不足言，然我臣子其肯棄朕而不顧乎？各盡乃心，以平其難，則封賞之典，論功而行，朕無所吝。故茲詔諭，其體至懷！” [5]

六月十三日，朱棣抵達(dá)金川門下。 [6] 谷王朱橞與曹國公李景隆開金川門迎降，京師遂破。燕兵進(jìn)京，在燕王軍隊抵達(dá)后的一場混戰(zhàn)中，南京城內(nèi)的皇宮大院起了火。當(dāng)火勢撲滅后在灰燼中發(fā)現(xiàn)了幾具燒焦了的殘骸，已經(jīng)不能辨認(rèn)，據(jù)太監(jiān)說它們是皇帝、皇后和他的長子朱文奎的尸體。朱棣登位后，處死忠于建文的諸臣，史稱“壬午殉難”。

朱允炆改進(jìn)了明太祖所實行的嚴(yán)厲的法律制度。洪武帝曾經(jīng)頒行了一整套法典，使之成為全帝國的法律準(zhǔn)則。他有時用“誥”的形式來給法典做補(bǔ)充，有時又用“榜文”的形式來發(fā)布典型的案例。榜文第一次出現(xiàn)在《大誥》中；這種《大誥》在1385年和1387年之間曾經(jīng)編纂、修訂和擴(kuò)充。它們出現(xiàn)在1397年版的《大明律》中；《大明律》把這些誥和榜文都收在它的附錄中。朱允炆認(rèn)為他祖父的律令法典的某些部分過于苛嚴(yán)，特別是那些在誥和榜文中所定下的懲罰條款更是如此。